(ג) ונראה לעניות דעתי דהכי פירושו: דהנה באמת למה תקנו מלכיות זכרונות ושופרות במוסף? ולמה לא תקנום בשחרית, ושיתקעו בשחרית? אך באמת הש"ס בראש השנה (לב ב) מקשה כן: והרי זריזין מקדימין למצות, והוה ליה לתקן בשחרית. ומתרץ: בשעת הגזרה שנו. ובירושלמי שם (פרק ד הלכה ח) מבואר ביתר ביאור, והיינו שבאמת היה כן, אך שגזרו עליהם שלא לתקוע, מפני שהאומות סברו שהם תוקעים בשביל איזה ענין, ודחו הברכות משחרית למוסף. ואף גם כשבטלה הגזירה – לא רצו להנהיג כבראשונה. ומבואר שם דכשראו האומות שקורין קריאת שמע, ומתפללין, וקורין בתורה, ואחר כך תוקעין, אמרו: בנימוסיהם הם עוסקים, ולא חשו לזה (עיין בתוספות, ולא כרש"י, עיין שם). ולפי זה זה שתוקעין מקודם מפני שהיו תוקעין בשחרית על סדר הברכות, ושוב לא היו תוקעין, אך מפני הגזרה דחום על מוסף. ולכן כדי שלא להרחיק עצמם מתקנה הראשונה כל כך, ולקרב התקיעות יותר לשחרית, ולהיות מהזריזין המקדימין למצות – התקינו לתקוע אחר קריאת התורה קודם מוסף. וזהו עירבוב השטן, שרואה כמה ישראל זריזין במצות, שאף על פי שגוזרין עליהן – מכל מקום מתאמצים לקיים המצות עוד ביתר שאת ויתר עז. שמקודם לא היו תוקעים רק פעם אחת, ולאחר הגזירה שני פעמים. וגם מתבהל שמא זכות קולות שופרות אלו יביא השופר הגדול, ואין ביכולתו לקטרג, ולחנם יקטרג, כיון שהקדוש ברוך הוא רואה כמה המצות חביבות על ישראל, וכמה הם זריזין במצות.
It seems to me that this is the explanation: In truth, why were the special Rosh Hashanah blessings of Malkhiot, Zikhronot, and Shofarot established as part of Mussaf? Why were they not included as part of Shacharit? And, in truth, the Talmud (Rosh Hashanah 32b) asks this question: "What about the principle that we should display alacrity in mitzvah performance? We should say these blessings in Shacharit!" And the Talmud answers, "this was taught in a time of persecution." And the Palestinian Talmud there (4:8) explains in greater detail, that in truth this happened, for the non-Jewish nations decreed against us and barred us from blowing shofar, because the nations surmised that we were blowing shofar for some nefarious purpose, and then the associated blessings were pushed from Shacharit to Mussaf. And even once the decrees were canceled, they did not want to return to the earlier practice. And it is explained there that when the nations saw that we recite Shema and then recite Shacharit and then read Torah and only then blow shofar they realize that the shofar blowing is just part of our ritual observance of the day and they are not concerned. (See Tosafot in contrast to Rashi there). And for this reason we blow shofar before Mussaf since we used to blow Shoafar during Shacharit along with the Malkhiot, Zikhronot, and Shofarot blessings that were also part of Shacharit at that time and they used to only blow then until it was pushed to Mussaf by persecution.
And so, in order not to overly distance themselves form the original way of doing things, and to make the shofar blowing closer to Shacharit to honor the principle of acting with alacrity for mitzvah performance - for even though there was a decree against them, nonetheless they act with courge to do the mitzvah with even more earnestness and boldness. For earlier, before the decree, they only blew shofar once, and after the decree they blew shofar twice.
And Satan is also confused in case the merit of these shofar blasts bring about the great shofar and he is not able to make accusations. And his accusations will be for naught since the Holy Blessed One sees just how much mitzvot are beloved by the Jews.