Why Is It Permissible to Store Beer (and/or whiskey) in Containers That Previously Contained Gentile Wine?
The first time we see a discussion of beer in containers that previously held gentile wine is this Talmudic passage:

איבעיא להו מהו ליתן לתוכו שכר

רב נחמן ורב יהודה אסרי

ורבא שרי

רבינא שרא ליה לרב חייא בריה דרב יצחק למירמא ביה שכרא

אזל רמא ביה חמרא ואפילו הכי לא חש לה למילתא אמר אקראי בעלמא הוא

It was asked of them: “What about placing beer in [a jug that had previously been possessed by a gentile]?

Rav Nahman and Rav Yehudah forbade [doing it].
And Rava permitted [doing it].
Ravina permitted doing it for Rav Hiyya, son of Rav Yizhak to pour beer into it.
He went and poured wine into it; and even this did not concern Ravina one bit, saying, “It just happened to have occurred.”

While it is understandable that Rav Nahman and Rav Yehudah would find it to be problematic to store beer in such containers, neither Rava nor Ravina explain why it is permissible to store beer in such containers. So what could their reasoning possibly be?

לא חש למילתא - למגזר שכרא אטו חמרא דשכרא מבטל ליה לטעמיה דחמרא:

"This did not concern him" - To decree upon beer on account of wine, since the beer overpowers the flavor of the wine in the container.

...והלכתא כרבא ורבינא דבתראי אינון והלכתא קנקנים של עובדי כוכבים לאחר שנים עשר חדש מותרים:

...And the practice is like that of Rava and Ravina, since they are later (and the halakhah follows later rabbis), and the practice is that jugs that had belonged to gentiles are permitted after 12 months.

איבעיא להו מהו לתת לתוכן שכר. פי׳ להכשירן כעין מורייס שאף בשכר שלהם היה חריפות משום מרירות הכשות שבו רב נחמן ורב יאודה אסרי שאין כחו כל כך בציר ורבא שרי ורבינא נמי ס״ל כותיה ועבד ביה עובדא ואף על גב דטעו למירמי ביה חמרא בלא הכשר אפי׳ הכי לא חש למימר משום האי חששה דאמרינן אקראי בעלמא הוה ולא טעו אינשי בהכי דמחלף להו חמרא בשיכרא וכיון דרבא ורבינא דאינון בתראי שרו הלכתא כוותיהו.

...והלכה כרבא ורבינא דבתראי אינון. (היין) וכן מים מותר ליתן בהן ואע"ג דבכוליה משערינן ואין במים ובשכר ששים לבטל היין אפ"ה שרי. כי טעם היין הנפלט לתוכו פגום מעיקרא הוא. והלכתא הקנקנים של עובד כוכבים לאחר י"ב חדשים מותרין.

...אסיקנא דמותר ליתן לתוכה שכר פירש"י משום דשיכרא מבטל טעמא דחמרא וכתב הר"ן ואחרים פירשו דשכר נמי מיקלא קלי לחמרא משום מרריתא דכשותא דאית ביה והראשון יותר נראה

ומהא שמעינן שהמים של מילוי ועירוי מותרים בשתייה וכ"כ הרשב"א בת"ה הקצר וז"ל כל הכלים שנשתמש בהם הנכרי ביינו ישראל נותן לתוכן בין מים בין שכר בין שאר משקים ואינו חושש לפי שפליטתה מועטת וא"א לבא לידי נ"ט ובארוך כתב כל הכלים אם בא להשתמש בהם בשאר משקים קודם שהוכשרו משתמש ובלבד שידיח בתחלה לכלוכית היין שעל פני הכלים ע"כ. ונראה שמה שלא כתב בקצר שצריך להדיח בתחלה לכלוכית היין שע"פ הכלים משום דמילתא דפשיטא הוא דלכתחלה אסור להשתמש בהן עד שידיח לכלוכית היין שע"פ הכלים:

...אף ע"פ שאסור ליתן בהם יין בכלי שנשתמש בהן הנכרי ביין מותר ליתן בהם מים ושכר ושאר כל מיני משקין לפי שהיין פוגם אותם ולא חיישינן שמא יתן בהם יין: