כוונת כלל התורה שני דברים והם תקון הנפש ותקון הגוף וגו', למה שהיה האדם מורכב מחמר וצורה שהוא הגוף והנפש והיו החכמות שתים לתקן אלו השנים עניינים והם הגוף והנפש, ותקון הגוף יקרא חכמה מעשית ותקון הנפש יקרא חכמה עיונית, ולמה שהתורה תכלול שני אלו השלמיו' יחוייב שכוונת התורה לחייב שני אלו הדברים, ולמה שהתורה להמון נתנה יחוייב שימצאו שני דעות אמתיות כפי יכולת ההמון לקבלם, ולכן יהיו קצת הדעות בפירוש וקצתם במשל מה שאין בטבע האדם להשיגו אלא כפי הדבור ההמוני:
והשנית קודמת בטבע ובזמן, ר"ל תקון הגוף וגדר הקודם בטבע שבהמצא הקודם לא יחוייב שימצא המאוחר ובהמצא המאוחר יחוייב שימצא הקודם, ואם לא ימצא תקון הגוף לא ימצא תקון הנפש ותקון הגוף היא הכרחי בקיום המדינה:
ובעבור זה הפליג לדקדק בה ולדקדק בחלקיה, ר"ל כי האריך במעשה יותר מהעיוני בכללים ובפרטים למה שהוא קודם בטבע ולמה שהוא יותר נצרך בקיום המדינה, ולכן תראה הרבה מדינות נמצאות עם שאין להם תקון הנפש כלל בעבור אמונתם, הם קיימים למה שימצא בהם תקון הגוף, וירושלים עיר הקודש אף שהיו להם אמונות אמתיות למה שנאבד בה שלמות הגוף נפסדה במהרה, כמו שהיה בבית שני, אף שבית ראשון נחרבה מפני ע"ז עם שהיו עמו רעות רבות כמו שהעיד עליו ירמיהו ע"ה בספרו, והנה ביאר הרב בזה הפרק הכרח השתי אלו השלמיות ושתקון הגוף קודם לתקון הנפש בטבע ובזמן והאחר הוא קודם במעלה:
לטוב לנו כל הימים לחיותנו כהיום הזה, כי לטוב לנו כל הימים הוא להשגת חיי הנפש שהוא העולם הבא כמו שאמר לעולם שכלו ארוך, ואמרו לחיותנו כהיום הזה העמידה הגשמית הראשונה הנמשכת קצת זמן, והקדים השלמות אחרון לפי מעלתו שהאחרון בפסוק הוא קודם בזמן: