אמר שד"ל האגרת הזאת לחותני ז"ל כתבתיה בשנת תר"ב (1842), ומאמר יסודי התורה נכתב שנה או שנתים קודם לכן, והיה בדעתי להוציאו לאור עולם קודם חתונתי (שהיתה ביום כ' כסלו תר"ג), ולסבות בלתי ידועות לי עתה לא נדפס עד היום, וגם לא הוספתי מאז והלאה להניף ידי עליו להשלימו, ולהתחיל שאר החלקים הראויים לבוא אחריו. והנני מוציאו עתה כאשר הוא, כי אמנם גם כי עברו עליו יותר מעשרים שנה, הנה כמחשבותי אז כן מחשבותי עתה בעקרי החכמה והאמונה.
וגם ידעתי כי קצת מדברי האגרת הזאת לא יתקבל בלב רוב הקוראים, וזה מפני שהרואה ויודע כמה מציאות גדולות וטובות המציאו ב"א בשכלם ותבונתם, יקשה עליו מאד להאמין כי השכל והתבונה לא לעזר ולא להועיל יהיו לטובתו ולהצלחתו, וע"כ מלא לב בני האדם בהם לעשות רע, כי הרשע אומר בלבו בכח ידי אעשה, ובחכמתי אנצל מכל עונש ומכל מקרה רע.
מתי נראו בעולם מציאות גדולות כאשר בדור הזה? האם אחרי כל אלה נתמעטו המלחמות, הרציחות, הגנבות, העניות והדלות, והתחלואים, והקנאה והשנאה והנאנחים, והנאנקים, והמתים בלא עתם? ואם יאמר לי אדם, אתה אם כן מואס ההשכלה ושונא החכמה? אשיבהו. מתחלת ילדותי ועד הנה אהבתי החקירה וההתבוננות, למען מצוא את האמת, ולהבין הנעלם, ולהכיר השקר והטעות, ומן בקשת האמת לא יחדל לבבי מימי, אך מימי לא אהבתי ולא אהב ההשכלה בעבור תועלתי, וכדי להרבות טובתי והצלחתי, כי האמנתי ואאמין כי אין חכמה, ואין תבונה, ואין עצה, שיהיה בכחן להציל האדם מכל צרה וצוקה, ולתת לו הצלחה קיימת. ואם יוסיף הטוען ויטעון. והלא בלשון הקדש קוראים להצלחה בשם השכלה, הרי מבואר כי ההצלחה תלויה בהשכלה ובתבונה לזאת אשיב. יש השכלה, ויש השכלה.
הקדמונים, בין מישראל בין מאומות, היתה בלבם אמונה חזקה בהשגחת האל (או האלילים) והמשכיל אצלם, והוא האיש העושה מעשיו בישוב הדעת ובהתבוננות, כשהיה חוקר איך יפול הדבר שהוא בא לעשות, לא היה מונה ושוקל התולדות הנמשכות לפי מנהגו של עולם לבדן אבל היה מביא בחשבונו גם השגחת האל (או האלילים), ומי שלא היה חושש להשגחה ולא היה פחד אלהים לנגד עיניו, לא היה נחשב לאיש חכם ומשכיל, ולפיכך המשורר אומר (תהילים ל״ו:ב׳) אין פחד אלהים לנגד עיניו, חדל להשכיל להיטיב, ואומר (שם י"ד) לראות היש משכיל דורש את אלהים, ואומר (שם צ"ו) ויאמרו לא יראה יה וגו', בינו בערים בעם וכסילים מתי תשכילו, ובתורה כתוב. לו חכמו ישכילו זאת וגו', איכה ירדוף אחד אלף ושנים יניסו רבבה אם לא כי צורם מכרם. הרי כי מה שהיו קוראים חכמה והשכלה היה כולל גם האמונה באלהים ובהשגחתו בתחתונים. לפיכך יפה קראו בלה"ק להצלחה בשם השכלה כי המשכיל בימים ההם היה ג"כ מאמין בהשגחה, והיה מחשב אותה בכלל הסבות אשר כח בהן להביא טובה או רעה, ולפיכך הי' נשמר מעשות מה שהוא רע בעיני האל אבל בדורות האלה (וגם בימי הרמב"ם) ההשכלה איננה כוללת האמונה, וגם מי שאין לו אלוה, או שאינו מודה בהשגחה, נקרא משכיל וחכם, ולדעת קצת הוא לבדו חכם ומשכיל, וזאת היא ההשכלה אשר לפי דעתי אין בכחה להצליח האדם אבל חקירת ענין ההשגחה ארוכה מארץ מדה ורחבה מני ים, ואין כאן מקומה. רק לבלתי יתפאר עלי המתפלסף, ראש מלין אומר, והוא כי לפי דעתי המאמין לפי תומו בהשגחה תדירית, המחדשת פעולותיה בכל שעה, לא הפסיד (אף על פי שלדעת הרמב"ם מי שעושה את אלהיו משתנה, אין לו אלוה) ומי שאחרי חקירות עמוקות מאמין כי פעולות השגחה המתחדשות בכל שעה, מסודרות הן ברצון הבורא מששת ימי בראשית, ושאמנם התורה דברה כלשון בני אדם, גם הוא לא הפסיד.
וסוף סוף, העקר הגדול אינו אלא לדעת כי העולם נעשה בכוונת מכוין ובחכמה נפלאה, וכמו שיצירת הגופות היתה בחכמה אלהית, כן הטובות והרעות הבאות עלינו תלויות בחכמה האלהית, ולא במקרה, ולא בהכרח קדום בלי ידיעה ורצון, והרשע האומר מי אדון לי הוא מטעה את עצמו, ומפלתו מסודרת בדרך טבעי, אך היא נעלמת ממנו עד יום בואה, והצדיק ישועתו מוכנת לו ג"כ בדרך טבעי, וגם היא בלתי ידועה לו עד בוא עתה, כל זה בדקתי ונסיתי, וחקרתי וראיתי, והתבוננתי, והאמנתי ושאננתי ונאמנתי ורעננתי, ונדכיתי ולא נטחנתי, ונשטנתי ולא הוקטנתי, ובד' נשענתי ולא צענתי, נער הייתי גם זקנתי.
פאדובה ל' ניסן תרכ"ה.