מדרש יונה נמצא בנוסחאות שונות:
א׳) בפרקי דר״א פרק י׳ והוא גם היסוד לילקוט שמעוני ח״ב רמז תק״ן ותקנ״א;
ב') מדרש יונה הנדפס ראשונה בפראג בשמח״ה (1595) ואח״כ באלטונא עם סבוב ר׳ פתחיה ובבית המדרש ליעלינעק חדר א' ועוד כמה פעמים;
ג') מדרש יונה כ״י די רוסי סי׳ 563 ונדפס ע״י רח״מ הורוויץ בקובץ מדרשים קטנים ביחד עם הנוסחאות הנ״ל.
המאמר ויאמר ה׳ לדג בנוסחא ב׳ נמצא ג״כ בזהר פ׳ ויקהל בלשון ארמית, ונראה שבעל המדרש העתיקו משם ללשון הקדש באיזה שינוים, גם לקחו מהזהר (שם) הרעיון לדרוש את סיפור יונה למשל על הגוף, והגר״א מווילנא בביאורו לספר יונה (ווארשא תקצ״ז) בנה ע״ז יסוד פירושו להספר הזה, ובמשל הזה השתמשו גם בעלי הפייטנים, בסדר רב עמרם גאון ח"ב בפזמון צ״ג לר׳ אברהם המתחיל אמנם כי דברך לדור ודור קיים וכו' אני יונה הנני כיונה בלי אבר וכו' הנני אות ומופת לכל נבראיך וכו', ונראה שדרשו דרוש יונה בתפלת מנחה ליוה״כ אחר המפטיר.