Ohr Sameach on Mishneh Torah, Ritual Slaughter 4:16

אלו הצדוקים והבייתוסין כו' שחיטתן אסורה.
בכותים לא זכר רבינו דעשאום כעו"ג גמורים ואף להקל לפי שיטת רבינו בפירוש המשנה בפרק דם הנדה שאם הכותי עצמו מת לא יטמא באוהל לפי שהן נכרים יעו"ש, לכן אחרי שחיטתן אין משום אותו וא"ב, ועיין בש"ך יו"ד סימן קנ"ט ס"ק ה' שהעלה ג"כ דאף להקל הוי כעו"ג גמור. ובגמרא, ר"ג ובית דינו נמנו על שחיטת כותי ואסרוה, ומפרש הגמרא משום שדמות יונה מצאו להן כו' ור"מ חייש למיעוטא וגזר רובא אטו מיעוטא ור"ג וב"ד כר"מ סבירא להו, וההכרח מזה דר"ג זה הוא האחרון בנו של ר' יהודה נשיאה, אבל רבנן בתוספות תמהו ע"ז דר"מ יגזור על יין שלהם היינו סתם יינם דהוא מדרבנן ולא יגזור על שחיטה דהוא איסור דאורייתא יעו"ש. ונראה ע"פ מה ששנינו בירושלמי פ"ג דדמאי ומייתי לה בשילהי פ"ק דכתובות, לא כן תני סרקית שהיא מסתפקת יום אחד מן האיסור נעשה אותו יום הוכיח לכל הימים [ואסור לקנות או לאכול מה שקנו ממנה כל הימים], ומשני סרקית אפשר לה שלא להסתפק וכאן אני אומר לא הוחזק ע"ה להיות טוחן שם באותו היום, פירוש, דבסרקית אם תתיר לאכול מה שקנו ממנה הלא יפול הספק על כל יום ויום, ומחמת הספק שנסתפקנו ויש רוב ימים של היתר הלא תתיר מה שקנו ממנה כל הימים, ונמצא כי תתיר גם את מה שנמכר ביום שהיתה מסתפקת מן האיסור כמו שפרשתי לעיל בהלכות מאכלות אסורות פ"ח הי"א עיי"ש כל לשון הירושלמי, וכיון שכן לק"מ, דיין אם תתיר יין של כותי הלא יפול הספק גם על מיעוט העובדים ואז תאמר שיין [אשר הוא שלהם] זה הוא מהרוב שאינם עובדים ע"ז, ונמצאת שתתיר אם תלך אחרי הרוב גם יין של הרוב גם יין של המיעוט ונמצאים אנו מתירין סתם יינם של עו"ג לכן גזר על יינם, אבל בשחיטה הלא מי ראוי לשחוט דוקא מומחה ומוחזק שהוא מיעוטא דמיעוטא מאינשי דעלמא, א"כ אם תתיר שחיטת כותי ותאמר שהוא מן הרוב דאינם עובדים עו"ג אע"ג דהספק יפול גם על כל הכותים השוחטים ותתיר שחיט כולמו, בכ"ז לא תתיר שחיטת כותי העו"ג בודאי, שמי יורע אם במיעוט דמיעוטא השוחטים יהיה אחד מן המיעוט העובדים ע"ז בהר גרזים, לא כן גבי יין שזה הספק מהיין יפול על כל הכותים בין הרוב בין המיעוט העובדים ע"ז בכולם ותתיר יין הכותי העובד ע"ז בודאי, לכן לא גזרו רק על יין ולא על שחיטה עד שבאו ר"ג וב"ד וגזרו, והבן כי הוא ישר: