Ohr Sameach on Mishneh Torah, Fringes 1:6

ויהיה אחד משמנה החוטים חוט תכלת.
הנה שיטת רבינו שחוט אחד של צמר צובע חציו בצבע תכלת ונותנו לתוך הטלית, נמצא חציו של צמר לבן וחציו של תכלת, ובתשובה אמר פתיל אחד ולא שנים ובו כורך החוטים. והנראה קצת ראיה לשיטת רבינו מדברי הירושלמי כלאים ריש פרק טי"ת ז"ל. תנינין תרי כללין ולא דמיין דין לדין תנינין אין אסור משום כלאים אלא צמר ופשתים בין צבועים בין לבנים ותנינין אינו מטמא בנגעים אלא צו"פ ובלבד לבנים כו' תמן את אמר בין צבועים ובין לבנים כו' ויעוי"ש דיליף מה פשתים כברייתה אף צמר כברייתו כו' ויעוין בבלי בכורות דף י"ז כזה לענין ציצית. ולכאורה מה מקשה הא מוכח מדשריא רחמנא כלאים בציצית ואם תאמר דצבועים לית ביה משום כלאים א"כ מה דחייה שייך כי עביד תכלת בבגד פשתים כיון שהצמר נשתנה ואינו כברייתו שרי לעשותו עם פשתים, ואין לאמר דרחמנא שריא למיעבד צמר לבן לשל פשתים כמו דאמרו בריש התכלת של צמר פוטרין בשל פשתן, זה אינו, דאימת אמרו דרחמנא שריא אף ע"ג דאפשר לקיים שניהם דוקא כיון שיש בה תכלת דהוצרכה להדחות אצל תכלת נדחית גם אצל לבן, אבל אם נאמר דבתכלת ליכא בה משום כלאים כיון דהוא צבוע לא יהיה מותר ליתן בה לבן של צמר כיון דאפשר לקיים שניהם ולתת בה של פשתן וכמו השתא בטלית של צמר דכתבו דאסור ליתן בה של פשתן ללבן דאפשר לקיים בתכלת, ומדכתבה רחמנא כאן היתר דכלאים בציצית, מוכחא דתכלת אע"ג דצמרו צבוע איכא משום כלאים, ובפרק יו"ד מהלכות כלאים כתב רבינו, ומנין שכל איסורים אילו של תורה שהרי הוצרך הכתוב להתיר כלאים בציצית כמו כו' שלא נסמכה פרשת כלאים לפרשת ציצית אלא להתיר כלאים בציצית כו' מכלל שחיבור כזה שלא במקום מצוה אסור מן התורה כו' ואף אנו נאמר לענין צבועין כן. ולכן מסתברא כשיטת רבינו דחוט אחד של צמר וחציו צבוע בצבע תכלת דלצובעו כולו של תכלת א"א דיהיה שני חוטין של תכלת ופתיל אחד ולא שנים, ואם כן איכא כאן כלאים פני שחציו אינו צבוע והוא לבן והוי כלאים צמר לבן בבגד של פשתים ודו"ק. ולכן פריך מה טעמא שני ציצית מכלאים ונכון מאד דזה אין לפרש דלעולם פסיקא לן מדשריא כלאים בציצית דכלאים אסור בצבועים, רק דפריך דא"כ בנגעים נמי נאמר בין לבנים בין צבועים, דזה אינו, דהא גבי כלאים כתוב חד קרא ובגד כלאים שעטנז לא יעלה ולא כתוב שם צמר ופשתים רק או דילפינן מבגד או מלבישה דכתיב צמר ופשתים דתרי מיני אחריני שריא, וכי ידעינן מסמיכות דכלאים בציצית דאסור בשל צבועים היינו דהתורה אסרה זה בבגד כלאים דגם צבוע מקרי כלאים, אבל בנגעים דרשינן דומיא דפשתים, ולא קשה רק אם אין הכרח לאסור בכלאים צבועים שפיר פריך דנגמור מקרא דלא תלבש כו' צו"פ דדוקא לבנים ומוכרח לאמר כדפרשנו ודו"ק.