היה – הכוהן, נוטל את מנחתה מתוך קפיפא מצרית – המשנה מדגישה שהאישה מביאה את מנחתה בכלי פשוט, כפי שהוברר בראשית הפרק הקודם. מעבר לכך, יש בפתיחה הקבלה ספרותית למשנה הקודמת:
ונותנה בכלי שרת – כפי שאמרה המשנה בפרק הקודם (מ"א) מרגע זה המנחה מקבלת טיפול ככל מנחה אחרת, בכלי מפואר כיאה למקדש, ונותנה על ידיה – כנאמר בפרק הקודם, וכהן מניח את ידו תחתיה ומניפה – זה המשפט המרכזי שבשבילו הובאה המשנה. בפרק הקודם לא נדונו סדרי העבודה שלאחר הכתיבה, ובכך ממשיכה משנתנו. את כל המנחות אדם מניף עם הכוהן. ההנפה נזכרת במקרא פעמים רבות, ובדרך כלל נקשרת לכוהן (ויקרא ט', כא; י', טו; י"ד, יב, כא ועוד). על כן קבעו חכמים שההנפה משותפת לכוהן עם ישראל.
בדרך כלל נשים אינן מניפות, אלא מנחת סוטה ומנחת נזירה: "הסמיכות והתנופות וההגשות והקמיצות וההקטרות והמליקות וההזאות והקבלות נוהגין באנשים ולא בנשים חוץ ממנחת סוטה ונזירה שהן מניפות" (משנה, קידושין פ"א מ"ח).
ההנפה נתפסת, בדרך כלל, יחד עם הסמיכה על ראש הקרבן, כשותפות של הישראלי, מביא הקרבן, בעבודת ה'. אלו זכויותיו של מביא הקרבן, וחלקו בנחלת ה'. כידוע מדין תורה, כפי שחכמים הבינו אותו, נשים אינן סומכות, אך תיקנו חכמים סמיכה בנשים: "בני ישראל סומכין ואין בנות ישראל סומכות. רבי יוסי ורבי שמעון אומרים הנשים סומכות רשות. אמר רבי יוסי אמר לי אבא אלעזר: היה לנו עגל זבחי שלמים והוצאנוהו לעזרת הנשים, וסמכו עליו הנשים לא מפני שהסמיכה בנשים, אלא מפני נחת רוח של נשים" (ספרא ויקרא, דבורה דנדבה, פרשה ב ה"ב; בבלי, חגיגה ז ע"ב). לא כאן המקום להרחיב בפרשה זו, אך ברור שנעשה כאן שינוי משמעותי בסדרי העבודה כדי להיענות ללחץ, גלוי או סמוי, שהופעל על ידי הנשים. גם אנשים (גברים) סירבו לוותר על זכותם לסמוך,1ראו חגיגה פ"ב מ"ב ופירושנו לה. ומן הסתם גם נשים רצו בכך, והנהגת המקדש או חכמים הבינו תביעה זו והתירו סמיכה. לעומת זאת לא התירו הנפה בנשים, כלומר הנפה משותפת של הכוהן עם אישה. מהמשך הדיון בהנפת סוטה עולה החשש שהדבר "כאור" ("כעור" – להלן), כלומר היה חשש שהנפה משותפת של כוהן ואישה עלולה לגרום לנגיעה או לקִרבה אסורה. זאת ועוד. ההנפה נעשתה קרוב למזבח וחייבה כניסה לעזרת ישראל והתקרבות למזבח, ונשים מנועות היו מכניסה לעזרת ישראל. בטרם נברר את הסיבה להלכה המיוחדת המתירה (מחייבת) לאישה להניף, מן הראוי לברר את דיוני התלמודים בנושא.
הירושלמי שואל: הרי הדבר "כאור", ומשיב: או שהכוהן היה מניח "מפה" (בד) לחציצה, או שהיה עושה זאת כוהן זקן, שאין יצר הרע תוקפו, או אולי כוהן "ילד", או שאין יצר הרע מצוי לשעה, כלומר שהנפה קצרה אינה מעוררת יצר הרע. כל ההסברים קשים. ילדים ממש לא עבדו במקדש, ופרחי הכהונה הם דווקא אלו שהיצר הרע מצוי בהם, והמקורות קובעים שאינם רשאים אפילו להתבונן בסוטה החשופה בחלקה.2ראו פירושנו לפ"א מ"ה. גם הקביעה שאין יצר הרע מצוי לשעה סותרת את אשר יודע כל אדם. אין זאת אלא שההסבר שונה. כפי שכבר אמרנו, מהסוטה ניטלים סימני נשיות והדר של אישה. היא מוצבת לקלון בפומבי, ערומה למחצה, ואין הקפדה על צניעותה. היא כביכול מופקעת ממעמדה כאדם, שכבודו בצניעותו, וחשופה (תרתי משמע) להתעללות. על רקע זה ניתן להבין שבאישה כזאת מותר ואפשר גם לגעת נגיעה קצרה, והרחבנו בכך לעיל (פ"א מ"ה).
על רקע כל זה קל להבין מדוע הכוהן מניף את התנופה עם הסוטה. קשה יותר להבין מדוע גם הנזירה מניפה.3הבבלי, קידושין לו ע"ב, מנמק זאת בדרשת הכתוב. אין כל ראיה לכך שחכמים, או הנהגת המקדש, רצו לבזות את הנזירה. אמנם קיים ויכוח על ערכה של נזירות, אך לא מצינו ביזוי נזיר או נזירה. אדרבה, המדרש אומר שאת הסוטה מעמידים בפתח המקדש כדי להעליבה, אבל, לפי אחת הדעות, את הנזירה נמנעים מלהעמיד בפתח ההיכל (בניגוד לגבר) כדי למנוע את ביזויה בידי פרחי הכהונה. המדרש מנסח זאת לא כתמיכה בנזירה אלא "שלא להרגיל פרחי כהונה בעבירה" (ספרי זוטא, ו יח, עמ' 245; בבלי, מה ע"א-ע"ב).4בתוספתא הדברים מנוסחים בצרה סתמית, "מפני פרחי כהונה" (נזיר פ"ד ה"ו). בהעמדת הסוטה והנזיר בפתח ההיכל דנו לעיל פ"א מ"ה. ייתכן שכאן פעל הנימוק ההפוך. הנזירה מביאה קרבן אישי שלה, שאינו תלוי בבעלה. לנזירה רוכשים כבוד והדר, ועל כן היא זוכה לזכויות כגבר. נמצאנו למדים שמנחת סוטה כמנחת נזירה, אך מנימוקים הפוכים. בשני המקרים האישה היא במרכז, וההנפה, כמו גם העמידה בשער ניקנור, היא ביטוי לכך. בטקס הסוטה היא במרכז ההשפלה, ובמעמד הקרבת קרבן נזירה היא במרכז לכבוד ולתפארת.
מן הראוי להדגיש שמשנת מנחות קובעת שמנחת נשים אינה מחויבת בהנפה (פ"ה מ"ה), ברם מנחת נשים מופיעה שם בקבוצה ספרותית הכוללת את כל מנחות הנדבה לסוגיהן. בהקשר של משנת מנחות ברור שמנחת נשים איננה חייבת בהנפה, אך לא מטעמי צניעות אלא משום שזה הדין בכל מנחות הנדבה. שיקול הצניעות אינו מוזכר שם. ההנפה במנחת סוטה מופיעה במפורש בתורה, וכל שנותר לחכמים הוא להסביר ולנמק את התורה, ולהתאים את ההלכה המקראית לתפיסת הצניעות שלהם. לגבי הנזירה זה חידוש של תורה שבעל פה, חידוש של חכמים או של הנהגת המקדש, ודברי חכמים כאן הם הסבר בדיעבד בלבד.
כל ההנפות שבמקדש היו לארבעה כיוונים, למעלה ולמטה, למערב ולמזרח (קדימה ואחורה). זו פרשנותם של חז"ל; ספק אם יש לה שורשים קדומים, אך זו ההלכה המאוחרת כפי שעוצבה בבית המדרש התנאי. כמו ששנינו: " 'והניף את המנחה', מוליך ומביא, מעלה ומוריד. מניין שנאמר אשר הונף ואשר הורם (שמות כ"ט, כז). מקיש הרמה לתנופה, מה תנופה מוליך ומביא, אף הרמה כן ומה הרמה מעלה ומוריד אף תנופה מעלה ומוריד. מיכן אמרו (במשנת מנחות פ"ה מ"ו) מצות תנופה מוליך ומביא מעלה ומוריד זה היא מצות תנופה" (ספרי במדבר פיסקא יז, עמ' 22; לז, עמ' 40) ומקורות נוספים.5משנה, מנחות שם; ספרא צו, פרק טז ה"ג, לט ע"ד, וכן נענעו את הלולב. ראו דיוננו במסכת סוכה פ"ג מ"ט. המדרש מעניק לנענוע גם הסבר שני, כללי יותר ופחות "מיסטי": "והניף את העומר לפני ה' (ויקרא כ"ג, יא). כיצד היה מניפו, רבי חמא בר עוקבא בשם רבי יוסי בר חנינא מוליך ומביא מעלה ומוריד. מוליך ומביא כדי לבטל רוחות רעות, מעלה ומוריד כדי לבטל טללים קשים. רבי סימון בשם רבי יהושע בן לוי אומר מוליך ומביא למי שהעולם כלו שלו, מעלה ומוריד למי שהעליונים והתחתונים שלו" (ויקרא רבה, כח ה, עמ' תרנח-תרנט), ובבבלי: "מוליך ומביא מעלה ומוריד [וכו']. אמר רבי חייא בר אבא אמר רבי יוחנן: מוליך ומביא למי שהרוחות שלו, מעלה ומוריד למי שהשמים והארץ שלו. במערבא מתנו הכי, אמר רב חמא בר עוקבא אמר רבי יוסי בר רבי חנינא: מוליך ומביא – כדי לעצור רוחות רעות, מעלה ומוריד – כדי לעצור טללים רעים" (מנחות סב ע"א; סוכה לז ע"ב).