בפרק זה נתבארו תחילה בקיצור מקצת ההלכות שהובאו במשנה בדרך אגב. וקצת בהרחבה — דיני נגע הצרעת, בחילוק שבין מראות שונות של נגעים טמאים. עיקר הפרק הוא בדיני טומאת מקדש וקדשיו. כאשר חטא אדם בחטא זה, הרי כאשר ידע מתחילה את הדברים ולאחר מכן נעלמו ממנו, ורק לאחר מעשה נזכר שחטא בכך — הריהו מביא לכפרתו קרבן עולה ויורד. ואם ידע אדם בטומאה וידע בקודש ובמקדש אלא שלאחר מכן נעלם ממנו הדבר, וטימא את הקודש והמקדש, ולא ידע בדבר — הוא עצמו אינו יכול להביא קרבן, לפי שלא נודע לו הדבר. ואולם יש לחטא זה כפרה על ידי שעיר החטאת הנעשה ביום הכיפורים בקדש הקדשים. ואם לאחר זמן ייזכר החוטא וידע — יביא קרבן על שגגתו, אלא שקרבן הציבור תולה לו שלא ייענש על כך. ואם אירעה הטומאה משום שהחוטא לא ידע מתחילה על הטומאה, ולאחר זמן נודע לו — הרי שעיר החטאת החיצון של יום הכפורים, שהוא חלק ממוספי היום, מכפר על חטא זה. לא ידע החוטא בטומאה או בקודש, לא לפני מעשה ולא לאחר מכן — על כך מכפרים שעירי החטאת הבאים כחלק ממוספי ראש החודש ומוספי הרגלים.
טומאת מקדש וקדשיו שנעשתה בזדון ולא נתכפר החטא — כפרת הכהנים היא בפר שמביא הכהן הגדול ביום הכיפורים וזורק דמו בקדש הקדשים. ושאר כל ישראל מתכפרים על ידי השעיר המשתלח וקדושת יום הכיפורים עצמו. ואגב כך נאמר כי כאמור בכתוב שעיר זה מכפר על כל עוונות בני ישראל, וכל שעשה תשובה — מכפרים לו עוונותיו, בין קלים ובין חמורים.