Ohr Sameach on Mishneh Torah, Daily Offerings and Additional Offerings 7:22

מ"ע לספור שבע שבתות כו' ומצוה למנות הימים עם השבועות כו'.
ראה בספר המצות לרבינו ביאור דעתו באורך, אמנם באגרות הרמ"ה האריך דמנין השבועות הוא מה"ת דוקא בזמן שבהמ"ק קיים וכמו דכתיב מהחל חרמש בקמה כו' שבעה שבועות אבל מנין הימים הוא מה"ת תמיד אף בזמן הזה וע"ז אמרו אמימר מני יומי ולא מני שבועי מ"ט זכר למקדש הוא כי מנין השבועות אינו מה"ת, ואם תשאל מדוע ע"ז אומר גזירת מלך הוא ובסוד אלוקי מי יבוא, וכן הדברים ברבינו ירוחם, ולדעתי באמת הוא סוד ד' ליראיו שגילו לנו רבותינו בעלי התלמוד בפ"ק דר"ה דילפי תשלומין לקרבנות ראיה וחגיגה בעצרת כל שבעה דמה חודש למנויו אף עצרת למנויו ופריך ואימא חד יומא אמר רבא אטו יומי מנינן שבועי לא מנינן כו' ועוד חג שבועות כתיב, נמצא דדרשי דחג שבועות שתהא כל השבוע תשלומין לקרבנות החג שלו וא"כ איתפריש לן הסוד דאמרה תורה מנה ימים וקדש עצרת יום טוב חד יומא מנה שבועות וקדש חג שבועות לקרבנות הרגל ובחל בשבת אינם רשאים להקריב רק בימי תשלומין, א"כ היום טוב של עצרת הוא לדורותיכם חוקת עולם לכן המנין שלו הוא ג"כ לדורות לזאת כתיב וספרתם לכם ממחרת השבת חמשים יום ולא נזכר שם חג שבועות, אבל אמרה תורה קדש חג שבועות דהוא תשלומין לקרבנות החג כן המנין שלו הוא מנין השבועות ג"כ אינו רק בזמן שהקרבנות קרבים לכן כתיב שבעה שבועות תספר לך מהחל חרמש בקמה תחל לספור פירוש מזמן העומר ועשית חג שבועות ולא כתיב מנין הימים כלל דהוא ענין מחודש בזמן שהבהמ"ק קיים והקרבנות קרבים בו, וזה עומק הדבר למעיין. וכן סברת ר' אליעזר דעצרת כשבת משחרב בהמ"ק לענין אבילות יעו"ש, וזה הטעם שאנו קוראים ביו"ט שני דעצרת כל הבכור משום דחג השבועות כתיב וכל השבוע לתשלומין ודוק:
ובזה יבואר לשון הגמרא בפרק ר' ישמעאל (דף ס"ה) אמר לו שוטה כתוב אחד אומר תספרו חמשים יום כו' אמר רבא כולהו א"ל פירכא אי מדר"י בן זכאי דילמא כדאביי דאמר אביי מצוה למימני יומא ומצוה למימני שבועי, וצריך ביאור דמאי אמר דילמא כדאביי דמאן חולק על אביי הא רבא בר"ה אמר ג"כ כן, ועוד דספירה דשבועות יליף אביי מקרא דשבעה שבועות תספר לך מהחל חרמש בקמה כו' כמבואר חגיגה (דף י"ז). ובזה א"ש דאמר דילמא כדאביי דמצוה למימני שבועי אף בזמן שאין בהמ"ק קיים אף דקרבנות הרגל אינן קרבין בתשלומין לכן בפרשת אמור דלא נזכר כלל חג שבועות רק יו"ט דעצרת כתב ג"כ שמצוה לספור השבועות, אבל באמת ממחרת השבת הוא ממחרת יו"ט ושבע שבתות תמימות בחל להיות אחר השבת ולא כתב לספור השבועות רק בפרשת ראה ושם חג שבועות כתיב ובזמן שבהמ"ק קיים ודוק היטב: