המשנה ממשיכה בתיאור סדרי העבודה ביום הכיפורים. לאחר העבודה בפנים (ההקטרה והזאת הדם) הכוהן הגדול חוזר אל השעירים. כזכור הוא כבר הגריל ביניהם (פ"ג מ"ט) ושחט אחד מהם (פ"ה מ"ד), ועתה הוא משלח את השעיר השני לדרכו לעזאזל. מבחינת סדר העבודה, ראשיתה של המשנה חוזרת אחורה לדמיון שבין שני השעירים שהוא משמעותי בעת בחירתם, עוד לפני ההגרלה ביניהם. כן נידונה האפשרות החריגה שאחד השעירים ימות לאחר ההגרלה. ההלכה האחרונה מתקשרת ישירות להלכה שבמשנה האחרונה בפרק הקודם. שם נדונה אפשרות של תקלה דומה, שפיכת הדם לפני הזאתו, ועתה המשנה ממשיכה באותו עניין, מותו של אחד השעירים. מכל מקום, הסדר הכללי של העבודות נשמר, אך ההלכה הראשונה חוזרת לתהליך בחירת השעירים שהתרחש עוד לפני ההגרלה524לעניין הסדר ראו לעיל, פ"ה מ"ז. . המשנה אינה אומרת היכן היה מעמד זה, ובספרא נאמר שנערך בשער המזרח המוביל מעזרת נשים לעזרת ישראל (ספרא, אחרי מות פרק ב ה"א, פ ע"ד).
סגנון המשנה הלכתי, בניגוד לסגנון הפיוטי למחצה של כל המסכת. על כן דומה שיש לראות במשנה א מעין גלוסה מאוחרת שנוספה בידי העורך באמצע המשנה. זו התערבות של העורך האחרון או של עורך ביניים במשנה הקדומה שהייתה לפניו.
שני שעירי יום הכיפורים מצותן שיהו שווים – בין שני השעירים נערכת הגרלה, והמשנה תובעת שהם יהיו דומים כדי שלא יווצר מצב שהשעיר הטוב יותר ייבחר לשמש בתור קרבן לעזאזל, זאת כדי שלא ייראה כאילו יש העדפה לאחד מהם (לה' או לעזאזל, שהרי שניהם קרבנות לה'), וכן משום ששני השעירים נחשבים למצווה אחת, כפי שיתברר להלן.
במראה – הצורה החיצונית ובקומה – גובה; דמיון במראה כולל כבר כמובן דמיון בקומה, ובדמין – מחיר השעיר, ולקיחתן באחת – "לקח" בלשון חכמים משמעו קנה; את שני השעירים יש לקנות כאחד, משום שהם מצווה אחת525לפירוש המונח התנאִי "לקחת" ראו פירושנו לסוכה פ"ג מ"א. .
אף על פי שאינן שווים כשירים – אף אם מבחינה כלשהי אין שני השעירים דומים הם כשרים בדיעבד.
לקח אחד היום ואחד למחר כשירים – גם אם שני השעירים לא נקנו כאחד הם כשרים בדיעבד.
מת אחד מהם – משני השעירים, אם עד שלא הגריל מת – אם השעיר מת לפני ההגרלה, יקח זוג לשיני – מכיוון שבדיעבד גם אם לא נקנו יחד הם כשרים, מותר לקחת בן זוג לשעיר שנותר. אם הדבר אירע לפני החג ניתן לקנות שעיר נוסף (לקחת בלשון חכמים), ואם אירע הדבר בחג עצמו ניתן להביא שעיר אחר מהמאגרים של בית המקדש, שם נשמרו בהמות קרבן רבות לכל מצב וצורך, ואם משהגריל מת – הבעיה היא שהשעיר כבר הוקדש ליעד מוגדר (לה' או לעזאזל) ואי אפשר לבטל את ההגרלה, אבל גם אי אפשר לקחת סתם שעיר אחר ולייעדו ללא הגרלה, יביא שניים – שני שעירים, ויגריל עליהם כתחילה – כמו שהגריל בהתחלה, ויומר – ראו להלן, אם שלשם – אם השעיר שנועד לה', מת זה שעלה עליו הגורל לשם יתקיים תחתיו – השעיר החדש שהוגרל לה' ייכנס תחת השעיר המת, ואם שלעזאזל מת זה שעלה עליו הגורל לעזאזל – השעיר שהוגרל בהגרלה החדשה לעזאזל, יתקיים תחתיו – ייכנס תחת השעיר המת.
לא ברור האם יש לגרוס במשנתנו ויומר, כלומר שהכוהן הגדול צריך לומר את ההתניה במפורש ובקול כחלק מהמעמד הציבורי. אם מילה זו חסרה – הרי שאלו דברי הסבר בלבד, ודי אם הכוהן יחשוב על כך. הנוסח "ויומר" מצוי בכל כתבי היד של המשנה, אך נראה שהתלמוד הירושלמי לא הכיר את המילה, וכן שנוי: "כיני מתניתא יביא שנים ויגריל עליהם כתחילה ויאמר זה שעלה עליו הגורל לשם יתקיים תחתיו" (מג ע"ג). התלמוד מפרש את משנתנו ומסיק שעל הכוהן הגדול המבצע את ההגרלה לומר במפורש את ההתניה שבמשנה, מכאן שזו לא הייתה לפניו בנוסח המשנה, אחרת קשה להבין מה ההדגשה. הבבלי526בבלי, סב ע"א, אך אין היא נמצאת בכתב יד מינכן וגם לא בציטטה של המשנה בסוגיה בדף סד ע"ב. ראו אפשטיין, מבוא לנוסח, עמ' 465. הכיר את המילה בנוסח המשנה. בספרא היא מופיעה, אך שוב לא בכל עדי הנוסח (אחרי מות פרק ב ה"ה, פא ע"א). נראה, אפוא, שהמילה חדרה למשנה בהשפעת הדיון בתלמוד. תופעה זו אינה תדירה אך מוכרת היטב, וכבר ראינו שפסקאות שלמות, קל וחומר מילים בודדות, חדרו מהתלמודים או אפילו מהפיוטים למשנה527לדוגמה מובהקת של חדירת משפט מהפיוטים למשנה ראו פירושנו להלן במשנה הבאה. דוגמאות אחרות ניתן למצוא בפסחים פרק י (מ"ה-מ"ו), ובפירושנו להן נראה כיצד חדרו למשנה משפטים מההגדה של פסח. .
אשר לשעיר השני, השיני ירעה עד שיסתאב – השעיר השני בעייתי. אי אפשר להקריבו, שכן קיים שעיר אחר שהוגרל ונועד לאותו קרבן, אבל גם אי אפשר להשתמש בו לשום קרבן אחר, שכן הוא יועד לקרבן יום הכיפורים בלבד. ודאי גם שאין לשחררו או להוציאו לחולין, שכן הוא נועד לקודש. הפתרון הוא כרגיל שהשעיר ירעה עד שיסתאב – כלומר ייפול בו מום, ואז ייפסל לקרבן. זה היה הפתרון המקובל לכל קרבן שאי אפשר להקריבו. הדוגמה המובהקת ביותר היא הבכורות לאחר החורבן שאי אפשר להקריבם, ולכן רעו עד שהסתאבו. לאחר שהשעיר נפסל לקרבן, וימכר ויפלו דמיו לנדבה – הכסף תמורת השעיר הוא כמובן קודש וקונים בו קרבן נדבה אחר, כלומר קרבן ציבור שאינו חובה.
שאין חטאת ציבור מתה – הכלל הוא שבהמה שיועדה לקרבן חטאת (או לכל קרבן אחר) אינה מתה כקרבן אלא מותר לפדותה כאשר הסתאבה, רבי יהודה אומר תמות – כלומר אין לפדות אותה גם לאחר שנפסלה לקרבן. דעתו של רבי יהודה עקבית ועקרונית, והוא חוזר עליה בהזדמנויות אחרות528משנה, תמורה פ"ב מ"ב; נגעים פי"ד ה"ה; בבלי, סה ע"א; שבועות יא ע"ב. דברי רבי יהודה הם כמשנה הסתמית בנגעים. התוספתא (פ"ג ה"ט) מקבילה למשנתנו. . דברי חכמים "שאין חטאת ציבור מתה" מנוסחים כתגובה לרבי יהודה, וכשלעצמם אין להם מובן. לפנינו דוגמה מאלפת להתגבשות הנוסח. במקור הובאו דברי חכמים מן הסתם כתגובה לרבי יהודה, אך בעריכה הנוכחית של המשנה הם באים לפני דבריו529ואולי נאמרו דברי חכמים כתגובה לסתם המשנה בנגעים שם, שם. .
ועוד אמר רבי יהודה נשפך הדם ימות המשתלח – מצוות שני השעירים היא מצווה אחת. המצווה כוללת את שילוח השעיר לעזאזל, שחיטת השעיר שעלה לה' וזריקת דמו, כמו ששנינו לעיל530לעיל, פ"ה מ"ד. . אם נשפך הדם בטעות ואין דם אחר שניתן להביאו531במשנה האחרונה בפרק הקודם דובר על הבאת דם אחר במקום הדם שנשפך. השעיר נשחט וטרם הוקרב, כך שייתכן שהיה ניתן להוציא מגופתו דם נוסף. – המצווה בטלה. לפיכך יש להגריל שעירים חדשים, והשעיר הקודם ירעה עד שימות. מת המשתלח – השעיר המשתלח מת לפני ששולח, המצווה בטלה ולפיכך ישפוך הדם – של השעיר השני ויש להתחיל במצווה מההתחלה, כלומר להגריל שעירים חדשים, להזות מחדש מהדם וכו' וכו'. ייתכן שבמקרה זה צריך להתחיל את כל עבודת ההקטרה מחדש, שכן יש לשמור על סדר הפעולות המנוי במשנה532כמו ששנינו בפ"ה מ"ז, וגם רבי יהודה מסכים לדין שבמשנה; ראו תוס', פ"ג (ד) ה"ד ודיוננו במשנה שם. .
לא נאמר מה דעת חכמים. ברור שהם חולקים ומסתפקים בכך שהשעיר ירעה עד שיסתאב, ברם לא ברור האם הם מסכימים עם רבי יהודה ששפיכת הדם היא ביטול מצוות השעיר. לעיל ראינו כי אם נשפך הדם יש להתחיל מתחילת ההזאות, או אולי להמשיך מאמצע ההזאה533ראו דיוננו לעיל, פ"ה מ"ז. , ומסתבר שאין המשנה תובעת שיתחיל מהגרלת השעיר. על כן נראה שחכמים חולקים על רבי יהודה גם בנקודה זו.
המחלוקת היא הלכתית, הווה אומר שאין כאן, להערכתנו, זיכרון היסטורי, אלא דיון משפטי כיצד היה המקדש צריך להתנהל בהתאם לעקרונות ההלכה של חז"ל, זאת בניגוד לדיונים הקודמים ששיקפו מסורת היסטורית. ואכן, משנה זו גם מנוסחת כבירור הלכתי רגיל ולא כסיפור הווי (כמו המשניות בפרק הקודם והמשנה הבאה המסופרות בסגנון סיפורי ולא משפטי).
עם זאת, במשנת נגעים פי"ד מ"ה יש משנה מקבילה למשנתנו, ונעיין בהן במקביל:
הסעיף הראשון זהה בלשונו. הסעיף השני איננו בכתב יד קופמן במסכת נגעים, וייתכן שיתר עדי הנוסח העבירו אותו ממסכת יומא הידועה יותר, או שכותב כתב יד קופמן השמיטו ממסכת נגעים ובעבר היה ניסוחם זהה. בסעיף השלישי יש בה קווי דמיון בתוכן ובסגנון, אך גם התייחסות ממוקדת בהבדל טיפוס הקרבן: דרור לציפורים וגורל לשעירים. ההגרלה בין שעירי יום הכיפורים רמוזה במקרא: "והשעיר אשר עלה עליו הגורל..." (ויקרא טז י). אמנם ניתן היה לפרש את הפסוק גם ללא מעמד פורמלי של הגרלה, אך דין ההגרלה לפחות נרמז. אפשר היה להעבירו גם לציפורי מצורע, אך הדבר לא נעשה. מכל מקום, ביום הכיפורים אין הפלת הגורל משנה עדיין את גורלו של השעיר השני. השעיר החי ממשיך לקיים את מצוותו, ולוקחים לו בן זוג חדש. בסעיף החמישי העמודות שונות באופיין. בציפורי מצורע יש ציפור שחוטה שאפשר ליהנות ממנה, אך גם ניתן לגלות שהיא טרפה, ואילו בשעיר אין עולה על הדעת שניתן ליהנות מהשעיר המת, שהרי זו חטאת ציבור ודינה כקודשים. הסעיף השישי והאחרון שוב זהה בתוכנו ובסגנונו. שתי המשניות זהות, אפוא, בתוכנן ובסגנונן, אך כל אחת מהן מותאמת למקרה שהיא עוסקת בו. ניסוחה של המשנה הוא בסגנון הלכתי רגיל ולא בסגנון סיפורי; הפתיחה והסיום של המשניות זהים, ומשנת נגעים כפשוטה היא דברי רבי יהודה מבלי להזדקק למחלוקת שביומא534ראו פירושנו לנגעים פי"ד מ"ו. שם גם השוואה לתוספתא שהיא נוסח שונה, רחוק יותר, ממשנת יומא. .
במשנת מנחות מובאת רשימה של הלכות מקדש דומות: "שני שעירי יום הכפורים מעכבין זה את זה. שני כבשי עצרת מעכבין זה את זה. שתי חלות מעכבות זו את זו. שני סדרים מעכבין זה את זה. שני בזיכין מעכבין זה את זה. הסדרים והבזיכין מעכבין זה את זה. שני מינים שבנזיר, שלשה שבפרה, ארבעה שבתודה, ארבעה שבלולב, ארבעה שבמצורע, מעכבין זה את זה. שבע הזיות שבפרה מעכבות זו את זו. שבע הזיות של בין הבדים ושעל הפרוכת ושעל מזבח הזהב מעכבות זו את זו" (פ"ג מ"ו). משנתנו מבהירה, אפוא, כיצד בונים מבנה של שניים על מנת שלא יעכבו זה את זה. משנת מנחות אינה מזכירה את הציפורים, כלומר עריכתה עדיין לא הכירה את הקשר בין השעירים והציפורים. או שלא הכירה בהלכות ציפורי מצורע שבמשנת נגעים. במבוא למשנת נגעים נָראה כי מסורת המשנה מבוססת בעיקרה לא על מסורת חכמים, אלא על מסורות כוהניות, והדוגמא שלנו מצטרפת לדוגמאות שיובאו במבוא למסכת נגעים.