בכל יום היו שם ארבע מערכות – המערכה היא מדורה הבנויה על המזבח או במקום אחר. ארבע המערכות הן: המערכה הראשונה – והעיקרית הייתה על המזבח עצמו, המערכה השניה – הייתה בפינה המערבית-דרומית של אותו מזבח, מכאן לקחו גחלים ואותן העלו על מזבח הזהב להקטרת הקטורת (משנה, תמיד פ"ב מ"ד). היו בה בערך חמישה סאין של גחלים, ובשבת שמונה סאין. אין מחלוקת על שתי מערכות אלו, וכל התנאים מודים בהן. המערכה השלישית הייתה "לקיום האש"443תוס', פ"ב (ג) הי"א; בבלי, מה ע"א; ירו', מא ע"ד; ספרא, צו סוף פ"א, כט ע"ד. . הכוונה למדורה קטנה שהכינו בבוקר בזמן שניקו את המזבח הראשי. מי ש"תרם את הדשן" אסף גחלים והניח אותן על הרצפה למזרחו של הכבש, במרחק שלושה טפחים ממנו (משנה, שם פ"א מ"ג). המערכה הרביעית היא המדורה שבה שרפו את האברים שלא עוכלו מיום האתמול. כאשר ניקו את המזבח ריכזו את חתיכות הבשר הללו בשולי המזבח או על הסובב (שם, פ"ב מ"א), התקינו את העצים למערכה הראשונה של היום החדש (שם, פ"ב מ"ד), ולאחר שהתקינו את המערכה הראשונה באו לשרוף את האברים שטרם עוכלו מאתמול (שם, פ"ב מ"ה). נראה שרבי מאיר סבור שלשם כך התקינו מערכה נוספת, כלומר מדורה בשולי המזבח (לא נאמר היכן) שבה שרפו אברים אלו. נראה שרבי מאיר סבר שהכינו לשם כך מדורת משנה על המזבח הגדול (בבלי, מה ע"א), לעומת זאת יתר התנאים סבורים שהחזירו את האברים אל המערכה הרגילה. כך מסבירה הברייתא בתוספתא ובתלמוד בבבלי444תוס', פ"ב (ג) הי"א; ספרא, פ"ב ה"ז, ל ע"א; שם הי"א, ל ע"ב; בבלי, מה ע"א. . כאמור, במשנת תמיד נזכרות במפורש רק שתי המערכות. עד כאן מדובר רק על הבוקר; לקראת התמיד של ערב היו "מערכות" נוספות שאינן נידונות במשנה, והיום חמש דברי רבי מאיר – מערכה חמישית הייתה מערכה קטנה של גחלים שהכוהן הגדול לקח עמו לבית קודש הקודשים, להקטרת הקטורת המיוחדת של היום, רבי יוסי אומר בכל יום שלוש445דבריו חסרים ב- מתת. – לפי התוספתא רבי יוסי חולק וטוען שלא הייתה מערכה נפרדת לשרפת האברים של יום אתמול. כך גם משתמע ממשנת תמיד (שם שם), והיום ארבע – הרביעית היא המערכה להקטרת הקטורת של יום הכיפורים, רבי יהודה אומר בכל יום שתים והיום שלוש – דומה שאין מחלוקת בין רבי יהודה ורבי יוסי על סדר העבודה, אך רבי יהודה אינו מונה את המערכה לקיום האש כמערכה נפרדת, שכן היא זמנית וקטנה.
משנת תמיד, כרבי יהודה, מונה שתי מערכות, כלומר משנת תמיד גובשה עוד לפני ימי רבי יהודה446משנת תמיד קשורה לתנאים מראשית דור יבנה, ראו לעיל, פ"ב מ"ג. ורבי יהודה מקבלה כלשונה. לפי משנת תמיד שרפו את האברים על המערכה הרגילה (פ"א מ"ג), והיא מתארת אמנם מערכה לקיום האש אך לא כמערכה נפרדת, ורק שתי מערכות נזכרות בה (פ"ב מ"ה). כל המחלוקת חסרה בעדי נוסח אחדים447כ, תב. במגק – חילוף בשמות הדוברים. .
על דרך ההשערה ניתן להציע ש"ארבע" המערכות הן שתיים בבוקר ושתיים בערב, ולדעת רבי יוסי ורבי יהודה לא ערכו מערכה חדשה בערב והסתפקו במערכה של הבוקר. רבי יוסי סבור שהייתה מערכה שלישית לקיום האש, ואכן בברייתא אחרת משמע שלא היו מכינים מערכה חדשה לערב אלא מוסיפים עצים, ולכל היותר הקפידו להוסיף בערב שני גזירי עצים כדי לייחד את השרפה של תמיד של בין הערביים. "כל זמן שהיה שמעון קיים היתה מערכה תדירה, כשמסדרין אותה בשחרית היתה מתגברת והולכת כל היום כולו, והיו מקריבין עליה תמידין ומוספין ונסכיהן, ולא היו מוסיפין עליה אלא שני גיזרי עצים עם תמיד של בין הערביים, כדי לקיים מצות עצים בלבד, שנאמר 'ובער עליה הכהן' (ויקרא ו ה). משמת שמעון הצדיק תשש כחה של מערכה, כשמסדרין אותה בשחרית לא היו נמנעין מלהוסיף עליה עצים כל היום כולו" (תוס', סוטה פי"ג ה"ז). זו עמדת רבי יהודה ורבי יוסי, ואולי רבי מאיר סבור שהמדורות לתמיד ולקטורת של בין הערביים הן המערכות השלישית והרביעית. הפירוש אמנם אפשרי, אך אין לפרש בניגוד לברייתא אלא אם כן יש בכך צורך פרשני מובהק, ובמקרה זה אין סיבה שלא לקבל את עדות הברייתא.