מבנה המסכת
מסכת יומא מתחלקת בבירור לשניים. שבעה הפרקים הראשונים עוסקים בסדרי העבודה של הכוהן הגדול בבית המקדש, והפרק האחרון מוקדש לצום יום הכיפורים הנוהג בימיהם של חכמים. החלק השני הוא משנה לכל דבר, עיסוקו בהלכה כמקובל במשנה, אם כי הוא נגמר בצורה מדרשית-פיוטית, ואף זו תופעה שגרתית ומצאנו אותה גם במסכתות אחרות. החלק הראשון הוא אפוא חריג בנוף של המשנה, אך איננו ייחודי לחלוטין. במשנה יש מסכתות אחרות ופרקים העוסקים בהווי המקדש. כל המסכתות בסדר קודשים עוסקות במקדש, אך ניסוחן הלכתי, כרגיל במשנה. גם מסכת שקלים נושאת אופי הלכתי. לעומת זאת מסכת יומא נושאת אופי סיפורי ומעט פיוטי. מצד שני אין היא רק תיאור של הווי כמו מסכת ביכורים, או פרקי ההווי במסכת פסחים. יש במסכת תיאור של עבודת הכוהן הגדול שרבים מפרטיה הם הלכתיים, ונתפסו, לפחות בעיני חז"ל, כמחייבים, אך ודאי שחלק מהפרטים הם יותר פרטי הווי. כך, למשל, בפרק הראשון, תיאור הפרשת הכוהן הגדול מביתו עשוי להתפרש כהלכה מחייבת, אך הפרטים היכן התגורר בשבעת ימי ההפרשה אינם הלכה אלא תיאור הנוהג. כמו כן המסורת שהשביעו את הכוהן הגדול והם בכו, והוא בכה, מובנת על רקע המתח שבין צדוקים ופרושים (פ"א מ"ה), אך ודאי שאין זו הלכה. גם חכמים היו שמחים אילו לא היה הכוהן הגדול צדוקי ולא היה מקום לאותה בכייה ומתיחות.
למסכת יומא מבנה מגובש וברור. היא מתארת את עבודת הכוהן הגדול לפי סדר התרחשותה ולפי סדר המקרא בספר ויקרא פרק טז, ולהלן נדון בסדר זה במפורט. שני הסדרים קרובים זה לזה. הקשר למסגרת המקראית מתבטא גם בפרק ח של המשנה שסדרו עוקב אחר הפסוקים בסוף פרק טז. התורה מזכירה את העינוי והכפרה, והפרק השמיני של המסכת עוסק גם בכך. בין שתי יחידות אלו משניות מספר (מ"ב-מ"ז) העוסקות בפרטי הצום, ובמי שהצום מסוכן לו. אגב דיון זה המשנה מעלה את דיני פיקוח נפש בצורה כללית יותר.
מסכת יומא מתארת, בפירוט רב, את עבודת הכוהן הגדול ביום הכיפורים. למעשה אין לנו תיאור דומה של חג כלשהו. בסוף מסכת סוכה מופיע תיאור של כמה ממעמדות החג, תיאור הדומה למסכת יומא גם בסגנונו, אך אין זה תיאור רציף ומובנה של כל מעמדות הציבור במקדש באותו חג. התיאור במסכת תמיד דומה יותר למסכת שלנו. שם מתוארת העבודה היום-יומית במקדש, ושתי המשניות נוקטות אותו סגנון. יתר על כן, קיימת כאילו מערכת של השלמה בין מסכת יומא למסכת תמיד. החלק המתאים ביותר הוא המפרט את עבודת התמיד של שחר. מסכת תמיד מתחילה לתאר את פרטי העבודה (פרקים א-ב), מתארת את הפיס הראשון (הגורל הראשון על חלוקת התפקידים של הקרבת התמיד) ואת המשך העבודה. מסכת יומא סוטה מתיאור עבודת הכוהן הגדול, וגם היא מתארת את עבודת היום-יום. הפרטים של מסכת יומא משתלבים באלו של מסכת תמיד. מסכת יומא מסבירה כיצד נוסד מוסד הפיס ומתארת את הפיס השני, החסר במסכת תמיד, ולאחר מכן היא ממשיכה בתיאור עבודת הכוהן הגדול.
גולדברג סבר כי מסכת תמיד היא מעין תוספתא ליומא2גולדברג, תוספתא לתמיד. , ברם אין כאן מערכת יחסים שבה יצירה אחת מרחיבה ומפרשת את השנייה, אלא פשוט השלמה. כאילו כל מסכת נטלה חלק מאיזו משנה קדומה, וכל מסכת בחרה בחלקים שונים במקצת. עם זאת, כל אחת מהמסכתות עברה שלבי עריכה מאוחרים יותר. בשתי המסכתות אין פירוט של עבודת התמיד של בין הערביים. אולי משום שזו חזרה על עבודת הבוקר, ואולי משום שזו לא נכללה באותה משנה קדומה.
אם כן, במסכת יומא משוקעת משנה קדומה, מן הסתם מדור יבנה, זמן קצר לאחר החורבן. עם זאת, לפי דרכנו אנו מניחים שנערכה מאוחר יותר. נזכרים בה גם חכמים מדור אושא כרבי יהודה (פ"ו מ"א ועוד), רבי שמעון (פ"ו מ"ו), רבי יוסי (פ”ה מ"א ועוד) ורבי מאיר (פ"ג מ"ו-מ"ח ועוד). יש בה יחידות שלמות השנויות במחלוקת תנאים מדור אושא3ראו פירושנו לפ"ו מ"א. . באופן טבעי יש במסכת מעט מאוד מחלוקות, שהרי רוב הפרטים בה אינם פרי שיקול הדעת אלא זיכרון היסטורי. יתר על כן, זו משנה שחומריה קדומים, ובאופן טבעי אין בהם מחלוקות רבות.
לשם הבנת המסכת וכלל הדיונים של חז"ל בסדרי המקדש יש להבחין בין זיכרון היסטורי לבין תוצר של הדיאלקטיקה ההלכתית. את הזיכרון מביא חכם שראה את הדברים באופן ישיר. בדרך כלל זיכרונו משקף את המציאות הקדומה, ברם בהחלט ייתכן שחכמים יחלקו גם על זיכרונות העבר4ראו למשל פירושנו לשקלים פ"ו מ"ג. , כלומר שהזיכרון כבר טושטש. המחקר ההיסטורי של העת האחרונה העמיק את התבוננותנו במנגנון הזיכרון, ולמדנו כי הזיכרון האנושי לעתים טועה ולעתים אף מטעה, בכוונה ושלא בכוונה. המחלוקות על העבר מבטאות את מכלול האפשרויות הללו. מעבר לכך, מסתבר שלתוך הזיכרון ההיסטורי שילבו חכמים לעתים תיאורים שאינם מבוססים על הזיכרון אלא על ניתוח משפטי של התנאים, בבחינת "כך ראוי היה שיהיה". חכמים "מתקנים" את הזיכרון ההיסטורי, או משלימים פערים מתוך התבוננות בהלכות המתאימות למקרה. לעתים "שחזורים" אלו אכן רֵאליים, אך לעתים הם מבטאים התפתחויות הלכתיות שהתחוללו רק לאחר ימי הבית. תופעה זו, אגב, מוכרת גם במחקר העדויות פרי הזיכרון של העת האחרונה. המיוחד אצל חכמים הוא שהתוספות, מעבר לטעויות של זיכרון לקוי ומעבר לעיצוב ההיסטוריה בראי תובנות בנות זמנן, הן גם פרי דיון הלכתי (הדיאלקטיקה ההלכתית). במהלך פירושנו עמדנו על המרכיב הדיאלקטי במשניות רבות5להלן, פ"ד מ"ו; פ"ה מ"א-מ"ב; פ"ה מ"ד; פ"ו מ"ד; פ"ו מ"ח; מעשר שני פ"ג מ"ח ועוד. . לא תמיד ניתן להבחין בין היסוד ההיסטורי לבין המרכיב הדיאלקטי, ועמדנו על כך בפירושנו למשניות במקומן. במסגרת זו נסתפק בשתי דוגמאות. המשנה מתארת את סדרי הזיית הדם על הארון, אך בהמשך מודה שבעצם לא היה כלל ארון במקדש, והסתפקו בהזיה על אבן השתייה6להלן, פ"ה מ"א-מ"ב. . כיוצא בזה, המשנה אומרת שהכול כשרים להוביל את השעיר, אך מודה שבפועל נעשה המעשה בידי הכוהנים7להלן, פ"ו מ"ג. . בשני המקרים קל להבחין במרכיב הדיאלקטי דווקא בזכותו של הזיכרון ההיסטורי. לעתים האבחנה ברורה פחות. על תופעה דומה עמדנו גם במבוא למסכת שקלים. יש להניח שלעתים קרובות הניתוחים הדיאלקטיים הם המחלוקות שבמשנה. אך לא כל מחלוקת שבמשנה היא בהכרח לא "היסטורית", כפי שהצענו. מאידך גיסא, גם לא כל תוספת של תנאים מאוחרים שנויה במחלוקת. בדרך כלל האבחנה בין זיכרון היסטורי לבין מסקנות הנובעות מהדיאלקטיקה מחייבת בירור ספרותי ורגישות רבה.
עבודת הכוהן הגדול ביום הכיפורים זכתה לתיאורים מפורטים משתי סיבות. האחת היא שיום הכיפורים נחשב לחג יחיד ומיוחד וקדוש ביותר (להלן). יתר על כן, זה היה החג היחיד שהכוהן הגדול עבד בעצמו את כל עבודות היום, ובעיקר – רק ביום זה הוא נכנס לקודש הקודשים. אין זה פרט מקרי בסדרי העבודה אלא מעמד רב חשיבות שסופרים קדומים, אף מחוץ לבית המקדש, מזכירים אותו במפורט, וביראת קודש רבה8ראו פירושנו לפ"ה מ"א. .
זאת ועוד, עבודת הכוהן הגדול לפרטיה מתוארת במקרא בספר ויקרא פט"ז; כך היה לחכמים מקור לקביעת סדרי העבודה מחד גיסא, ומקור השראה ספרותי מאידך גיסא.
בגלל החשיבות שהייתה למעמד של עבודת הכוהן הגדול בחג בסוף ימי בית שני, וכפי שהדבר משתקף במשנה, נכתבו מאוחר יותר פיוטים רבים המתארים את עבודת הכוהן לפרטיה ההלכתיים. עד היום נשתמרו עשרות פיוטים, והם מהווים מקור להבהרת דברי המשנה ונוסחאותיה9מלאכי, בנועם שיח, אסף עשרות פיוטים אלו. . כך עוצבה תת סוגה ספרותית מיוחדת, במסגרת הסוגה הרחבה יותר של פיוטים הלכתיים. מבחינת פירוש המשנה מן הראוי להדגיש שלעתים חדרו שורות מהפיוט למשנה10ראו דיוננו לפ"ד מ"א; פ"ה מ"ד ועוד. , וכמובן גם (או בעיקר) חדרו שורות מהמשנה לפיוט.