המשנה ממשיכה להציע את ההלכות הקשורות לתלתן אשר רובו "עץ" ואינו מיועד למאכל אך יש בו גם "זרע" הניתן לאכילה.
מי שהיו לו חבילי תלתין – צורה זו, "מי שהיו לו", במקום לפתוח ולשנות "חבילי תלתן", שכיחה למדי בכל סדרי המשנה8ראו דמאי פ"ז מ"ח; שביעית פ"ט מ"ח; שבת פי"ט מ"ד; מגילה פ"ד מ"ז; נזיר פ"ג מ"ז ועוד. . התלתן בא בחבילות, כמובא בתלמוד הירושלמי: "וכמה היא חבילה עשרים וחמשה זירין" (מז ע"ב). משפט זה הוא ספק פירוש של התלמוד ספק ברייתא שהייתה לפני רבי יוחנן, של כלאי הכרם ידלקו – חבילי התלתן שהיו בידו הם של כלאיים ודינם בשרפה, כדין כלאיים שהם נשרפים, כאמור במשנת תמורה בסופה: "ואלו הן הנשרפין חמץ בפסח... וכלאי הכרם" (פ"ז מ"ה), ובמשנת כלאים שנינו: "ואם הביאה דגן – תדלק" (פ"ה מ"ז). נראים הדברים כי המשנה מלמדתנו כי כל החבילה של התלתן תישרף, "שאף העץ ישרף" (הר"ש משנץ ואחרים), ולא הזרע בלבד, וכאותה ששנינו: "תנו רבנן תנור שהסיקו בקליפי ערלה או בקשין של כלאי הכרם חדש יותץ" (בבלי, פסחים כו ע"ב). הכלאיים האסורים בהנאה הם גם הקשים, ולא רק הפרי. משנתנו שנויה אף במשנה אחרת תוך הלכה נוספת: "מי שהיו לו חבילי תלתן של כלאי הכרם ידלקו. נתערבו באחרים – כלם ידלקו, דברי רבי מאיר, וחכמים אומרים יעלו באחד ומאתים" (ערלה פ"ג מ"ו).
היו לו חבילי תלתן של טבל – בשעה שבא להפריש תרומה לכהן מן התלתן, כותש ומחשב כמה זרע בהם ומפריש את הזרע – מחשב רק כמה זרע בתלתן ומפריש תרומה רק מן הזרע, ואינו צריך להפריש את העץ – שכן רק הזרע ניתן למאכל אדם ואינו צריך להפריש תרומה מן העץ.
בתלמוד הבבלי בביצה יג ע"א מפרשים אביי ורבא את משנתנו בלוי שהלך וקיבל את המעשר לפני הפרשת התרומה ובזה הפסיד לכהן את התרומה מן המעשר שקיבל, ולכן קנסוהו שיכתוש את חבילות התלתן ויתן לכהן את תרומת המעשר, את המעשר מן המעשר, לאחר שיכתוש את התלתן ויפריש את הזרע. הלוי אינו רשאי לתת לכהן כתרומה חלק מן החבילות. פירוש זה אינו סותר את דברי המשנה, אך אינו עולה מפשוטה של המשנה.
אם היפריש – תרומה אף מן העץ על העץ לפני שכתש, לא יאמר אכתוש ואטול את העץ – לעצמי, ואתן את הזרע – אתן לכהן את הזרע בלבד, אלא נותן העץ עם הזרע – כיוון שהפריש לתרומה את העץ, קרא שם תרומה לעץ, חייב הוא לתת לכהן את העץ אף על פי שאין קדושת התרומה חלה על העץ, כפי ששנינו במשנה הקודמת.