תלתן שנפלה לתוך הבור שלמים [שליין] – ברוב עדי הנוסח "של יין", וכן בכתב יד קופמן אחרי ההגהה. אבל לפני ההגהה היה כתוב "של מים", וכן ב- ג2 ו- ל. אם כן, אין זו טעות מעתיק אלא נוסח של ממש שיש לו תמיכה משמעותית. כפי שנראה להלן המדובר בתלתן של תרומה ובטעם שסופגים הנוזלים שבבור, על כן אין זה משנה אם הנוזלים הם יין או מים. עם זאת, הגרסה "של מים" יש בה חידוש, שהרי בדרך כלל מים אינם חול או קודש ואין הם הופכים לתרומה או למעשר שני, אבל אם ספגו ריח תרומה דינם כתרומה. רבי יהוסף אשכנזי גרס במשנתו "של יין" ותיקן ל"של מים", כפי שמעיד בעל מלאכת שלמה למשנתנו. בסוף פירושנו למשנה נחזור לשאלת הנוסח. מכל מקום, בור המים הוא בור האגירה הרגיל. "בור יין" הוא הבור שליד הגת שבו התירוש תוסס בשלושת הימים הראשונים שלאחר דריכת היין.
בתרומה ובמעשר שיני – אם התלתן הוא של תרומה או של מעשר שני. מלשון המשנה ניתן היה להבין שהיין הוא של תרומה (לפי הגורסים יין), וההכרעה שהתלתן הוא של תרומה מוצעת על ידי כל המפרשים, והכרחית כפי שיוכח להלן.
אם יש בזרע כדי ליתן טעם אבל לא בעץ – המשפט קטוע וצריך להסתיים במילים "המים תרומה". התלתן הוא עשב המשמש כמאכל לבהמות, וממילא העשב עצמו פטור מתרומות ומעשרות. אבל זרע התלתן הוא כדגן ומשמש כאוכל, וממילא חייב בתרומות ומעשרות. על כן, אם יש בזרע התלתן כדי לתת טעם למים, המים הופכים תרומה. אבל טעם העץ אינו משנה דבר, שכן העץ אינו חייב בתרומה (תוס', שביעית פ"ב ה"ח).
ובשביעית [ו]בכלאי הכרם ובהקדש אם יש [ב]זרע ובעץ כדי ליתן טעם – בשלושת אלו גם העץ קדוש. בשביעית הוא קדוש כספיחים, או שמא המדובר בתלתן לאחר זמן ביעור שביעית (ר"ש סירליאון ואחרים), או שהדיון הוא לאחר זמן ביעור שביעית ויש ביעור לאוכלים של בהמה (רמב"ם). אבל אם כך, הרי שכל ההלכה אינה רֵאלית. איסור ביעור אמנם מופיע במקורות, אבל ניתן היה לעקפו בדרכים רבות וקלות7ראו פירושנו לשביעית פ"ט מ"ב. . עם זאת, חז"ל דנים בו כאילו היה אכן איסור של ממש וכאילו באמת אין לשמור פרי לאחר הביעור, והדיון בכך תאורטי ועקרוני.
כלאים – אם התלתן גדל בכרם (כמו במשנה הבאה) או בשדה דגן אחר וכולו כלאיים, ובהקדש – אם הוקדש שדה התלתן כל הצמח הקדש, על כן אם טעם התלתן שהוא קודש הוטמע במים המים נאסרו.
המשנה אינה אומרת האם הטעם של התלתן הוא לפגם או לשבח. במשנה ב לעיל ובמקבילותיה יש מחלוקת בעניין הנותן טעם לפגם. יש להניח שטעם התלתן הוא לפגם, ומשנתנו כרבי מאיר הקובע שנותן טעם לפגם אסור. פירוש זה משתמע גם מהירושלמי האומר שבמשנתנו "נותן טעם לשבח ולפגם כאחד", כלומר שגם טעם לפגם אסור, כמו שפירשנו. עם זאת, בירושלמי מוצעת גם אפשרות שנייה שטעם התלתן משביח, וכן היו ראשונים שפירשו שטעם התלתן הוא לשבח (רע"ב, תיו"ט ואחרים), ואז משנתנו היא כדעת הכול. ברם, קשה לראות איזה שיפור יורגש במים ששקע בהם תלתן. זאת ועוד; לאלו הגורסים "של יין" בוודאי אין טעם התלתן משפר טעמו של יין.
ממשנתנו משתמע שדין נותן טעם חל גם על שביעית, וכן עולה גם ממקורות נוספים (שביעית פ"ט מ"ה; ירו', לט ע"א).