בררו משם – לא כתוב מהיכן, ומן הסתם את הבירור עשו מתוך הגזירים שהביאו למערכה הראשונה.
עצי תאינה יפים – במשנת פרה (פ"ג מ"ח) הם מכונים "חלקים", וזאת לפי המסורת המעדיפה עצי תאנה למדורת המזבח, לסדר את המערכה שנייה לקטרת – המערכה השנייה קטנה יותר, עבור ה"קטורת" המובאת על המזבח הגדול. מזבח הקטורת שבתורה היה "אמה ארכו ואמה רחבו רבוע ואמתים קֹמתו" (שמות לז כה), וכן נוסף "ממנו היו קרנֹתיו", כלומר היו לו ארבעה קרנות, כרגיל. לגבי מזבח בית שני לא השתמרו פרטים. בכל המקורות מדובר על אמה רבועה, אבל אפשר שזו המסורת המקראית, ואפשר שמזבח בית שני היה כמזבח הקדום29בברייתא דמלאכת המשכן מובאות המידות המקראיות, ולעתים נוספו להן המידות של בית שני (מבוססות בעיקר על המשנה בתמיד ומידות). . מכל מקום, מזבח הקטורת ("מזבח הזהב" או ה"מזבח הפנימי") שימש רק לקטורת ממש (בשמים), ועל המזבח הגדול הקריבו קרבנות גדולים וקרבנות עדינים יותר, כמפורט להלן (בבלי, יומא מה ע"ב).
כנגד קרן מערבית דרומית – כאמור במשנה הקודמת חציו המערבי של המזבח היה ריק, משוך מן הקרן כלפי הצפון ארבע אמות – אם כן למערכה השנייה מקום מדויק, בעמד – אומד הוא אומדן, חמש סאים גחלים – ברוב עדי הנוסח נוסף: "ובשבת בעומד שמונת סאין גחלים". במקום זה הוכנה מערכה שנייה שהובאו לה עצים שיצרו חמישה סאין של גחלים. הנתונים במשנה אינם מספיקים, ולא ברור אם הנקודה שצוינה היא מרכז המערכה השנייה או תחילתה או אולי סופה. חמישה סאין הם 50 ליטר בערך. אין אפשרות להעמיס כמות כזאת על מחתה, אין זאת אלא שלאחר הטקס החגיגי של הבאת הקטורת הוסיפו עוד גחלים כנצרך. משנתנו מלמדת, אפוא, כלל גדול בהבנת המשנה. המשנה מתארת לא את העבודות שנעשו, אלא את הפן הטקסי שלהן. מרכיב זה הכרחי להבנת כל המשנה בתמיד ובמידות.
ששם היו נותנין שני בזיכי לבונה שללחם הפנים – ליד לחם הפנים הונחו שני כלים עם לבונה. ביום חול הבעירו במערכה השנייה את כל הלבונה שהובאה עם הנסכים ובשבת נוספו לכך שני הבזיכים שניצבו עם לחם הפנים. כמו כן: "אלו שני כהנים שבידם שני בזיכי לבונה של לחם הפנים ישנה, היו נותנין אותה על גבי המזבח, עם איברי תמיד. כיון שהוקטרו שני בזיכין נותנין חציה חלה לכל משמר ומשמר והן חולקין ביניהן" (תוס', מנחות פי"א הי"ג, עמ' 530). לפי התוספתא אין מערכה שנייה כלל אלא במקום שהביאו את אברי התמיד שם הקטירו את הלבונה, והאברים והפדרים שלא ניתאכלו מבערב מחזירין אותם למערכה – הראשונה. זו פרשנות, וכאמור להלן הניסוח במשנה חומק מלהתייחס למחלוקת התנאים בנושא.
הציתו שתי המערכות באש – בעזרת האליתא, וירדו ובאו להם ללשכת הגזית – בהמשך יתוארו מעשיהם שם. לפי משנתנו היו רק שתי מערכות, וכך מסכמת גם התוספתא ביומא. אין במשנה פרטים על דרך שרפת הקטורת במזבח הזהב, ונדון בכך להלן בפ"ה מ"ד. בתוספתא יומא יש גם מסורות חולקות: "בכל יום היו שתים מערכות שם, והיום30ביום הכיפורים. שלש אחת למערכה גדולה ואחת למערכה שנייה ואחת שמוסיפין לקטרת של לפני לפנים דברי רבי יהודה. רבי יוסה מוסיף אחת לקיום האש. רבי מאיר מוסיף אחת לאברים ופרדים שלא נתעכלו מבערב" (פ"ב הי"א; בבלי, ח ע"א). אם כן, לדעת רבי יוסי בשטח המזבח הריק הייתה עוד מערכה קטנה כדי שתהיה אש תמיד שלא תכבה, ולדעת רבי מאיר עוד מערכה קטנה נפרדת לאיברים. משנתנו מתנסחת כך שאפשר להבינה שהאברים הובאו למערכה הראשונה, או לשנייה, או למערכה שלישית כדעת רבי מאיר.
כפי שנראה בפירושנו למידות (פ"ג מ"ה) הייתה גם עמדה אחרת שתיארה מזבח ועליו 24 טבעות, כך שמקום המדורה היה קטן הרבה יותר.