משניות ז-ח והחצי הראשון של משנה ט הן משניות "רגילות", אין הן כרוכות במדרשי הלכה ואין הן מסודרות לפי סדר הפסוקים. שתי הראשונות עוסקות בהבהרות של מצבי ספק, והמשנה האחרונה בביטול דין עגלה ערופה. ייתכן שהסדר בא להעניק סיבה לביטול דין עגלה ערופה. כל המצווה יסודה בספק, ואם רבו הרוצחים הספק מתערער עוד יותר, כפי שנפרש.
נמצא ההורג עד שלא תערף העגלה תצא ותרעה בעדר – העגלה מוקדשת למצווה. בקרבן הבהמה מוקדשת מרגע שנלקחה למצווה. אם הקרבן התבטל, לא בטלה הקדושה מהבהמה. אבל עגלה ערופה אינה קרבן. אם נתבטל הצורך בה, היא יוצאת לחולין.73להלכות אלו נזקקנו לעיל פ"ג מ"ג. הצורך בעגלה ערופה מתבטל רק אם נמצא ההורג, ואז יש על מי לגלגל את האשמה. ומישנערפה [העגלה] – המילה נוספה בשוליים ואינה מוסיפה להבנת המשנה. אם העגלה נשרפה, ואז התברר שעריפתה הייתה מיותרת ומוטעית, תקבר במקומה – עגלה ערופה "רגילה" וכשרה נקברת במקומה (מדרש תנאים דברים, כ"א ד, עמ' 124). אם העגלה נערפה הרי שהיא נשארת "עגלה ערופה", וחלים עליה דיני עגלה ערופה. לא נאמר האם עדיין מקומה אסור בזריעה, כנאמר במשנה ה, שעל ספק באת מתחילתה – גם בהתחלה הובאה העגלה מספק, שמא מישהו מהקהילה אשם ברצח. עתה הספק אמנם הוסר, אבל כשהובאה היה הספק קיים; כיפרה ספיקה והלכה לה – העגלה עשתה את תפקידה לכפר על הספק, ויש לסיים את המעשה (מאירי). הנימוק עמום, ולמעשה אינו מנמק דבר. בעל מלאכת שלמה מסביר שהמשפט חוזר לעגלה ערופה רגילה שהיא מכפרת על הספק (ספק אם אכן הרוצח הוא מבני המקום), העגלה כיפרה על הספק ואסורה בהנאה. עד כאן משנתנו. אבל הבבלי מעיד שמשנה זו "אינה משנה", כלומר שאין הלכה כמותה (חולין פב ע"א). הבבלי עצמו מעיר שאת הקושיה שם ניתן לתרץ בדרך דרסטית פחות, וכנראה הייתה מסורת בידם שיש מי שחולק על המשנה, ואם נמצא ההורג חזרה העגלה לחולין ובשרה מותר בהנאה.
נערפה העגלה ואחר כך נמצא ההורג הרי זה יהרג – ואין מקום לטענה שכבר התכפר המעשה, שהכפרה היא על הציבור ועל חלקו המסופק בזוועה, ולא על היחיד הרוצח.
בירושלמי (כד ע"א) מובא הסבר למשמעות ההלכתית שהעגלה נותרת באיסורה. במקרה רגיל אסור לשחוט עגלה ואמה ביום אחד, אך מותר לערוף עגלה ולשחוט את אמהּ. אם הרוצח נמצא ויצאה העגלה מכלל עגלה ערופה, הרי ששוב אסור לשחוט את אמהּ. בירושלמי מוצגת אפוא מחלוקת אם מותר לשחוט את אמהּ. רבי ינאי מוסיף שההבחנה היא אם הורידו אותה לנחל, שאז היא כאילו "מוקדשת" ונחשבת תמיד עגלה ערופה, ואם ההורג נמצא לפני ההורדה העגלה מותרת לכל דבר.