המשנה פורשת לפנינו מעין פרוטוקול של הדיון בבית המדרש. קטעים מעין אלו נדירים במשנה, ומעט מהם נכללו בתוספתא ובמדרשים12ראו דיוננו בפ"ה מ"ד.. כמעט כל הוויכוחים הם מדור יבנה, ונראה שבתקופה זו התקיימו הבירורים העקרוניים והדיונים היו מבוססים על היקשים וטיעונים הגיוניים. מאוחר יותר הדגש מועבר לנימוקים המבוססים על מדרש הכתוב, ונראה שאלו באו, בדרך כלל, לאשש תפיסות הלכתיות שכבר גובשו בדורות קודמים.
אמר רבי אליעזר13בדפוס וילנא ובדפוס ונציה (דו) נוסף "ולא דין הוא", ואלו הם עדי הנוסח שחשיבותם משנית. מה אם שחיטה שהיא משם מלאכה דוחה את השבת אלו שהן משום שבות לא ידחו את השבת – רבי אליעזר טוען טענה של קל וחומר. השחיטה אסורה מהתורה ושחיטת הפסח הותרה בשבת, קל וחומר שיש להתיר את הבאת הקרבן או הרכבתו, שהן מלאכות האסורות רק מדרבנן. אין הסבר מדוע לפי רבי אליעזר הרכבה איננה מלאכה ממש, הרי היא מלאכת טלטול "מוציא מרשות לרשות", וקל וחומר הרכבתו. "המוציא מרשות לרשות" מנויה כאב מלאכה (משנה, שבת פ"ז מ"ב), אבל בפירושנו למשנה שם ראינו כי הרשימה שם, הכוללת ל"ט אבות מלאכה, איננה למעשה רשימת המלאכות האסורות, אלא סידור ספרותי של רוב איסורי שבת. אמנם התלמוד הסיק שמה שאיננו ברשימה איננו אב מלאכה (או שהוא אסור כתולדה), אבל מלכתחילה לא נועדה הרשימה להיות קטלוג מלא של המלאכות. שיטתו של רבי אליעזר היא ראיה נוספת לכך.
אמר לו רבי יהושע יום טוב יוכיח – שהקל וחומר איננו תקף, שהיתיר בו משום מלאכה ואסר בו משום שבות – ביום טוב הותרה מלאכה שאסורה אפילו מהתורה לצורך הכנת מזון (אוכל נפש), אך נאסרה כל עבודה שלא לצורך הכנת אוכל, ואפילו עבודה האסורה רק משום שבות. שבות היא כינוי כללי למלאכה שנאסרה רק מדרבנן. אמר לו רבי אליעזר מה זה יהושע ומה ראיה [ל]רשות [ל]מצוה – ה-ל' הראשונה נמחקה בידי המעתיק הראשון והשנייה נוספה בידי מעתיק שני. לכן להערכתנו יש לגרוס, כמו ביתר עדי הנוסח, "מה ראיה רשות למצוה?"; אי אפשר לדחות קל וחומר העוסק במצוות ולהשוותו למערכת של היתרים. הבאת קרבן פסח היא מצווה, ואילו הכנת אוכל ביום טוב היא רשות. כמו במקומות אחרים רשות אין משמעה דבר רצוני, אלא מצווה קלה, דבר רצוי שאינו חובה הלכתית14ראו לעיל, פירושנו לפ"ג מ"ז.. ואכן אכילה ביום טוב היא מצווה של עונג החג, אך אינה מצווה ממש. הוויכוח נערך בדור יבנה ובמהלכו מתערב תלמיד חבר, הלוא הוא רבי עקיבא. השיבו רבי עקיבה הזייה – אדם טמא צריך לטבול ביום השביעי לטומאתו, ולהזות עליו מי חטאת. מותר היה לעשות זאת בערב פסח שחל בשבת, כדי שיוכל להשתתף בקרבן פסח בשבת, תוכיח שהיא מצוה – ההזאה נועדה לאפשר לאדם לקיים מצווה, ואולי גם החובה להיטהר נתפסה כמצווה בפני עצמה, והיא – ההזאה אסורה בדרך כלל, משום שבות אינה דוחה את השבת אף אתה אל תתמה על אלו – המלאכות, כהרכבת הקרבן והבאתו, שאף על פי שהן מצוה – הן לצורך מצווה של הבאת קרבן פסח, והן – אסורות, משום שבות לא ידחו את השבת – ולכן לא תדחנה את השבת. אמר לו רבי אליעזר ועליה – על הזאה בשבת, אני דן – אני למד מן הדין. "לדון" בלשון חכמים הוא המונח לקל וחומר. מה אם שחיטה שהוא משום מלאכה דוחה את השבת – כזכור שחיטת פסח דוחה שבת, הזיה שהיא משום שבות אינה דוחה את השבת – רבי אליעזר סובר שהזאה מותרת בשבת, אם היא נועדה לטהר אדם לקראת קרבן פסח. הלימוד הוא מקל וחומר. אם מלאכה ממש מותרת בגלל המצווה, קל וחומר מלאכה קלה האסורה משום שבות. אם כן, מה שרבי עקיבא ראה כבסיס מוסכם שבעזרתו ניתן להוכיח מה הדין במקרה שלנו, הוא עצמו שנוי במחלוקת.
בשלב זה הדיון נע במסלולים שאינם נפגשים. רבי אליעזר אינו מקבל את האבחנה בין מצווה לבין מכשיריה, ועבורו הזאה והרכבת בהמה הן כולן מצוות ממש, ורבי יהושע ורבי עקיבא בעצם לא תקפו את עמדתו של רבי אליעזר ולא נימקו מדוע יש להבחין בין מצווה לבין מכשיריה. נראה שעבורם האבחנה היא ברורה, ולכן כל שעליהם לעשות הוא לדחות את ראיותיו של רבי אליעזר. אמר לו רבי עקיבה חילוף – רבי עקיבא מציע קל וחומר הפוך הבנוי על ההנחה שהזאה אסורה בשבת. הוויכוח מגיע למעין מבוי סתום, שכן בסיס הקל וחומר שנוי אף הוא במחלוקת. בספרי הדבר מנוסח כך: "אמר לו רבי עקיבא אתה כופר בי ואני כופר בך" (ספרי זוטא, בהעלותך ב, עמ' 257 ,)מה אם הזייה שהיא משום שבות אינה דוחה את השבת אף שחיטה שהיא משום מלאכה לא תדחה את השבת. לפי ההיגיון של הקל וחומר, אם הזאה אסורה בשבת – ודאי ששחיטה אסורה. רבי עקיבא מביא כאן את הקל וחומר לידי אבסורד, וטוען שלפי ההלכה שבידו הקל וחומר בלתי אפשרי. אמר לו רבי אליעזר עקיבה עקרתה מה שכתוב בין הערבים במועדו בין בחול בין בשבת – רבי אליעזר טוען שהקל וחומר של רבי עקיבא אינו תקף שכן הוא סותר את דרשת הכתוב של הלל ששחיטה אסורה בשבת. טיעון זה אופייני לחכמי יבנה בכלל, ולרבי אליעזר בפרט. הנימוקים מקל וחומר או מדרשת הכתוב צריכים לאשש את ההלכה ואינם יכולים לסתור אותה. כך, למשל, כאשר רבי יהודה בן בתירא מציע לרבי אליעזר דרשת כתוב אומר לו רבי אליעזר: "אם לקיים דברי חכמים הן", כלומר יש להשתמש בדרשה רק אם היא מכוונת לדעה "הנכונה", כלומר להלכה (משנה, נגעים פ"ט מ"ג; פי"א מ"ז). אמר לו – רבי עקיב15בדפוסי וילנא, ונציה (דו): "אמר לו רבי"; ב- א, מ: "אמר לו רבי עקיבא"., הבא לי מועד לאלו במועד לשחיטה – "אלו" הן המלאכות כהרכבת הקרבן והבאתו. לאלו אין מועד וניתן לעשותן בערב שבת, לעומת זאת לשחיטה יש מועד קבוע ואי אפשר לשחוט קרבן פסח ביום יג. זה היה אחד הטיעונים העיקריים שהנחו את הלל בהחלטה להקריב קרבן פסח בשבת, ולפי כלל זה רק מלאכה שאי אפשר לעשותה בשבת דוחה את השבת16ראו הנספח לפרק זה.. כלל אמר רבי עקיבה כל מלאכה שאיפשר לה לעשות מערב שבת אינה דוחה את השבת שחיטה שאי אפשר [אי אפשר] לה לעשות מערב שבת דוחה את השבת – הכלל הוא התוצאה של הוויכוח, ולשיטת רבי עקיבא. המונח "כלל" מופיע רבות במשנה, וממשנה זו ברור שהכלל הוא הסיכום המאוחר, הבא לאחר הוויכוח17ראו עוד משנה, מנחות פי"א מ"ג שם בא כלל זה בסתם, ולא נזכרת בו מחלוקת.. בתוספתא כלל זה משמש בסיס להמשך הוויכוח בין רבי אליעזר ורבי עקיבא, ולא נרחיב בכך כאן (תוס', פ"ה ה"א).
בתוספתא ובתלמודים פרטים נוספים וטיעונים נוספים, לא תמיד ברור האם הם ממסורת ישירה על הוויכוח או מתוספות ונימוקים שהוסיפו תנאים מאוחרים מדעתם. אחד האמוראים אומר "עשירים היו בתשובות", כלומר טיעונים רבים נוספים היו שם (ירו', לג ע"ב). לא נרחיב כאן בוויכוח ונסתפק בפרטים ססגוניים אחדים המעידים על הווי בבית המדרש. השתתפותו של רבי עקיבא בוויכוח בין שני רבותיו מעידה על מעמדו כתלמיד חבר לרבותיו. רבי עקיבא החל ללמוד בגיל מבוגר. הוא למד אצל רבי יהושע ורבי אליעזר, ובסוף תקופת לימודיו חש עצמו ראוי להשתתף בוויכוח ולחלוק על רבותיו. בספרי זוטא נאמר "הסתלק רבי יהושע וקפץ רבי עקיבא", הווה אומר שטענותיו תמו, אם כי כמובן הוא לא חזר בו מדעתו. עוד נאמר שזו הייתה תחילת לימודו של רבי עקיבא. שלוש עשרה שנה למד אצל רבי אליעזר, ועד אז לא העז להשתתף בדיונים. רבי אליעזר זלזל מעט בתלמידו המבוגר, אם כי נראה שכבר אז נחשב לתלמיד חשוב הראוי להוקרה ולכבוד18ראו שיר השירים רבה, פרשה א.. רבי יהושע מעיר בסיפוק ומצטט את הפסוק "...הלא זה העם אשר מאסתה בו צא נא עתה והלחם בו" (שופטים ט לח).
הוויכוח במשנה ובספרי נשמע ידידותי ונינוח. ברם מסורות אמוראיות מעידות על המתח. הביטוי "אל תכפירני" (בבלי, סט ע"א, ראו להלן) או "חילוף" (ירו', לג ע"ג) הוא חמור, והירושלמי תמה כיצד זה תלמיד אומר לרבו "חילוף". התלמוד חש כי כאן התלמיד חולק על הלכה של רבו ועל מסורת שרבו מביא, ומתקשה להבין כיצד רשאי תלמיד להעז כך פניו כלפי רבו. התלמוד הבבלי מוסר שבוויכוח עלו לשונות קשים: "אמר לו רבי אליעזר עקיבא בשחיטה השבתני בשחיטה תהא מיתתו. אמר לו רבי אל תכפירני בשעת הדין, כך מקובלני ממך הזאה שבות היא ואינה דוחה את השבת" (בבלי, שם). רבי אליעזר מאיים על רבי עקיבא בעונש מוות. רבי אליעזר מצטייר במקורות כחכם נוקשה; הוא אינו מהסס להתנגש עם חבריו ולאיים על תלמידיו. בתשובתו של רבי עקיבא משחק מילים: "אל תכפירני" – אני כופר בהלכה שאתה מביא ואתה אל תדחה אותי באיום עתידי. רבי עקיבא מתגונן וטוען שלמד מרבי אליעזר עצמו שהזאה אינה דוחה את השבת, וקצת קשה להבין האם חזר בו רבי אליעזר מדעתו העקבית. כך או כך, הוויכוח היה נינוח פחות ממה שמתואר במשנה.
הדיון נושא אופי הגיוני, אך כל אחד מהצדדים שנגדו מועלה טיעון משכנע משתמש (או נאלץ להשתמש) בטיעון אחר של מסורת אבות ("כך מקובלני", "עקרת מה שכתוב"). ערכם של הטיעונים הלוגיים הוא אפוא מוגבל, ואינו עומד נגד מסורת או דרשה ידועה. ראשיתו של הדיון בהשוואת נושאים, אך ההשוואה איננה פורמלית בלבד אלא גם הגיונית. זאת בניגוד למשנה מכשירין פ"ו מ"ח, למשל, שבה ההשוואה היא על בסיס פורמלי בלבד. לאחר שדרך זו לא הביאה להכרעה מנסה רבי אליעזר השוואה אחרת שגם היא נתונה במחלוקת. לאחר שאזלו ההשוואות הוא מנסה לתמוך את דעתו בדרשת כתוב, ורבי עקיבא מפריך אותה. מן הראוי להעיר שבדרך כלל דרשות כאלו מתקבלות, אם כי ספק רב אם הכריעו מחלוקות19על מקומה המוטל בספק של הדרשה ככלי לעיצוב ההלכה ראו דיוננו במבוא הכללי לפירוש המשניות..
בסופו של הוויכוח נקבעה כנראה הלכה כרבי עקיבא, והכלל של רבי עקיבא מצוטט במשניות נוספות20במשנה מנחות פי"א מ"ג הלכה כרבי עקיבא, ובתלמודים כרבי אליעזר. ראו בבלי, שבת קל ע"ב; ירו', שם פי"ט ה"ד, יז ע"ב..
הנוסח "כלל אמר רבי עקיבא" מופיע פעמים מספר21ראו למשל משנה, שבת פי"ט מ"א; שביעית פ"ו מ"ב; מנחות פי"א מ"ג ומקבילות רבות; בבא קמא פ"ח מ"ו ועוד., ודרכו של רבי עקיבא להעלות את הפרטים השונים לרמה כללית יותר. ייתכן שזו גם הסיבה לכך שלעתים הוא מציע כלל אחיד במקום פרטים שונים ומעדיף אותו על אבחנות מקומיות (ראו, למשל, פירושנו לשביעית פ"ט מ"ו). "רבי יהודה הנשיא מונה שבחן של חכמים... למה רבי עקיבא דומה? לפועל שנטל קופתו ויצא לחוץ, מצא חטים מניח בה, מצא שעורים מניח בה, כוסמין מניח בה, עדשים מניח בה. כיון שנכנס לביתו מברר חטים בפני עצמן, שעורים בפני עצמן, פולין בפני עצמן, עדשים בפני עצמן. כך עשה רבי עקיבא ועשה כל התורה טבעות טבעות" (אבות דרבי נתן, נו"א פי"ח, לד ע"א). שיטה זו של כינוס והכללה אינה רק סממן חיצוני, ומצינו ויכוח על הדרך שבה יש ללמוד וללמד, דרך הפרטים או דרך הכללים. "דבר אחר יערף כמטר לקחי – היה רבי נחמיה אומר לעולם הוי כונס דברי תורה כללים. יכול כדרך שאתה כונסם כללים תהא מוציאם כללים? תלמוד לומר 'יערֹף כמטר לקחי'. ואין 'יערֹף' אלא לשון כנעני, משל אין אדם אומר לחבירו פרוט לי סלע זה אלא ערוף לי סלע זה. כך הוי כונס דברי תורה כללים, ופורט ומוציא כטפים הללו של טל. ולא כטפים הללו של מטר, שהן גדולות אלא כטפים הללו של טל שהן קטנות" (ספרי דברים, שו, עמ' 336). אם כן, הלומד מכנס כללים אבל המלמד מלמד מקרה אחר מקרה. כנגד זה אומר רבי מאיר: "דבר אחר 'יערֹף כמטר לקחי', היה רבי מאיר אומר לעולם הוי כונס דברי תורה כללים שאם אתה כונסם פרטים מייגעים אותך, ואי אתה יודע מה לעשות (שם, עמ' 338 ;מדרש תנאים לדברים, לב כ, עמ' 185). אם כן, אין כאן הפרדה בין הלימוד להוראה ולכללים יש תמיד עדיפות
המשנה מנוסחת בדרך כלל בסגנון "כזואיסטי" – מקרה אחר מקרה, והכללים מעטים. עם זאת, יש כמובן כללים לא מעטים כבר בספרות התנאים. מכל מקום התחולל תהליך של הכללה, ובספרות האמוראית ובספרות המאוחרת יותר הפכו רוב הפרטים לכללים. אנו הערנו פעמים רבות ששיטת לימוד זאת של בירור מקרים שונים הובילה לקשיים בניסוח הכלל, משום שהמקרים הפרטיים לעתים סותרים זה את זה. גיבוש כל הפרטים למסגרת משפטית אחידה היא משימה מרכזית של הספרות האמוראית, ואסור שתטשטש את קולו של המקרה הבודד22ראו על כך במבוא הכללי לפירוש המשניות..