כמעשו בחול כן מעשהו בשבת – המשנה מניחה בפשטות שמקריבים קרבן פסח בשבת, ונעסוק בכך בראשית הפרק הבא. באופן תאורטי כל פרטי העבודות דומים בחול ובשבת להוציא מעט יוצאים מהכלל, ברם למעשה ברור שההבדל בין חול ושבת היה גדול, שכן אסור היה לטלטל בשבת והשוחטים נאלצו לחשב היטב את כל מעשיהם. אחד ההבדלים בין חול ושבת הוא בניקוי העזרה. בזמן השחיטה נשפך דם רב. לעזרה היה ניקוז טבעי, אך נהגו לפקוק אותה כדי שתתמלא בדם. היו שראו בעין יפה שהעבודה תתבצע בעזרה שטופת דם. "שבח הוא לבני אהרן שילכו עד ארכובותיהם בדם" (ירו', לב ע"ג; בבלי, סה ע"ב; זבחים לה ע"א), כלומר שהכוהנים יעמדו בתוך שפע של דם הניגר מן הקרבנות. ארכובה או רכובה היא הקרסול, והכוהנים היו הולכים אפוא בתוך הדם. בירושלמי (שם) מסופר שעל רצפת העזרה היו "מסטויות", כלומר מעין עמודים קטנים (מלשון סטיו, היא שורת עמודים), ועליהם הילכו הכוהנים. פתרון זה עומד בניגוד להלכה שאסור לכוהנים להלך על גבי כלים (זבחים פ"ב מ"א; מנחות פ"א מ"ב). בתוספתא נוספו דברי רבי אליעזר: "רבי אליעזר אומר אפילו רגלו אחת על גבי הרצפה, ורגלו אחת על גבי לבנה. רגלו אחת על גבי הרצפה ורגלו אחת על גבי כלים, אם ינטל הכלי ויוכל לעמוד בפני עצמו כשר ואם לאו פסול" (מנחות פ"א ה"ה, עמ' 512-513). ברור שדברים אלו שוללים אפשרות של "מסטויות", ודומה שמסטויות הן פתרון אמוראי לבעיית האסטטיקה, שאת הכוהנים לא הטרידה.
הביטוי "ללכת עד הארכובה בדם" הוא ספרותי, וחוזר במקורות נוספים63ראו למשל דיוננו במסכת שקלים פ"ח מ"א.,
בנוסף לדם התלכלכה העזרה מצואה של הכבשים שנשחטו, והלכלוך היה רב ביותר. ביום חול הסתיימה העבודה בשטיפת רצפת העזרה. על צורת השטיפה מוסרת התוספתא: "כיצד מדיחין את העזרה פוקקין אותה ומרגילין לה אמת המים עד שנעשית נקייה כחלב" (פ"ד [ג] הי"ב)64ספק רב אם הגיעה אמת מים למקדש. חישובי הגבהים מעלים שכמעט אי אפשר היה למשוך אמת מים שתגיע לרחבת הר הבית. ממשנה מידות פ"ד מ"ד עולה ששאבו מים לעזרה מבור הגולה, וראו דיוננו במסכת עירובין פ"י מי"ד.. כידוע, למקדש הגיעה אמת מים מדרום. את האמה כיוונו לעזרה והציפו אותה במים. בשבת שטיפה מעין זו אסורה. אמנם התירו במקדש עבודות שאינן אסורות מן התורה, אלא שלא כל העבודות הללו הותרו במקדש, אף שלא ברור לפי איזה כלל נקבעו העבודות האסורות65משנה, עירובין פ"י מ"י-מי"א; ירו', לב ע"ג, והשוו בבלי, סד ע"ב; ראו עוד ירו', עירובין פ"י הי"א, כו ע"ג, הדיון בכל מיני מלאכות ובבור הגולה שממנו שאבו בשבת מים במקדש.. ממשנתנו ברור ששטיפת העזרה נאסרה, אלא שכהנים מדיחין את העזרה שלא כרצון חכמים – לפי כלל המסורות שבידינו שלטו חכמים על נוהגי המקדש, אף שבהנהגת המקדש שלטו הצדוקים. העדויות למאבקים בין הצדוקים לחכמים רבות, והיו ניסיונות של צדוקים לנהל את המקדש לפי ההלכה שלהם, אבל בדרך כלל הצליחו חכמים, בעזרתו של ההמון, לכפות את מרותם. במקרה זה הצליחו הצדוקים66יש להניח שסתם "כהנים" הם צדוקים, ולכך מקבילות רבות. להנהיג מעשה שלא ברצון חכמים ולשטוף את המקדש. נראה שחכמים קיבלו בהבנה חריגה זו. איסור השטיפה אינו מובהק, וכנגד זה הלכלוך היה רב ביותר. עם זאת, יש לזכור שהשחיטה התבצעה סמוך למוצאי שבת, וניתן היה לשטוף את העזרה במוצאי השבת67אחד מהכללים להיתר מלאכה במקדש בשבת או ביום טוב היה שאי אפשר היה להכינה מערב שבת או יום טוב. ראו פירושנו לעירובין פ"י מט"ו. המאירי אומר כי ההדחה הייתה שלא לצורך, שהרי ניתן היה להלך על הרצפה של המקדש על ידי איצטבאות, כמו שציטטנו. מובן שניתן היה להלך על הרצפה, שכן מפלס הדם לא היה, מן הסתם, כה גבוה. ברם ודאי גם שלא היה זה לכבוד המקדש..
כידוע, לפי ההלכה התנאית הותרה שאיבה במקום שנחשב לרשות היחיד (משנה, עירובין פ"י מ"ז; פ"ב מ"א). מבחינה זאת שאיבת המים מאמת המים שבמקדש, או מבורות המים שבו, מותרת. עם זאת, הלכה זו אינה פשוטה אצל תנאים והם מתירים לשאוב רק מחלק מהבורות, וזאת מטעמים מיוחדים (ירו', עירובין פ"י הי"א, כו ע"ג). משמע מכאן ששאיבה סתם נאסרה במקדש, ואולי זאת הסיבה לכך שחכמים התנגדו להדחת המים במקדש, או שלפחות זה היה חלק מהשיקולים לאסור. גם את מי ניסוך המים לא שאבו בשבת, אף שניתן היה לשאוב אותם מאחד הבורות שבמקדש, וזו ראיה נוספת להסתייגות משאיבת מים במקדש (משנה, סוכה פ"ד מ"י).
כידוע, האיסיים אסרו שאיבת מים בשבת68שיפמן, הלכה, עמ' 108 ;ברית דמשק, יא 2 ;ספר היובלים, ב כט., ולא ברור האם השאיבה נובעת מכך שהמים אינם מוכנים69ראו פירושנו לביצה פ"א מ"א. או שמא לא הכירו בהיתר עירוב, או שאסרו את השאיבה משום שהיא מלאכה. כך או כך, נראה שנושא זה של שאיבה היה טעון וחלו שינויים בגישה אליו. שינויים אלו גרמו לגישה בלתי אחידה גם בספרות ההלכתית הפרושית. ההלכה התנאית התירה לשאוב מים מבורות אחדים במקדש, ואסרה שאיבה מבורות אחרים (ירו', עירובין שם). הנוהג במקדש היה, אפוא, מחמיר מההלכה הפרושית, ונראה שהוא מבטא השפעה של התפיסות הכיתתיות. עם זאת, הכוהנים הקלו בעניין ההדחה בשבת. הכוהנים היו בדרך כלל צדוקים, ובדרך כלל ההלכה הצדוקית קרובה להלכות בני הכת ומחמירה מההלכה הפרושית. אך כאן דווקא הכוהנים הקלו, בגלל הבעיה המעשית של ניהול חיי המקדש.
גם בבית הפרטי מיעטו בשאיבה בשבת. אמנם ההלכה מאפשרת לשאוב מים מבור שבחצר אל הבית (משנה, עירובין פ"ח מ"ג-מ"ז), שכן בדרך כלל הבורות היו בחצר ומן הסתם עירבו את החצרות. למרות זאת, אדם רגיל משלים את הכנותיו לשבת בכך שהוא ממלא חבית של מים (תוס', סוכה פ"ד הי"א). נראה שההלכה הכיתתית לא נדחתה לחלוטין, ובפועל ניסו למעט ולא לנצל את ההיתר לשאוב מים בשבת.
רבי יהודה אומר – רבי יהודה בן דור אושא משתתף גם במשנה הקודמת, ועמדנו על טעמו של דבר, כוס היה ממלא מדם התערובת – היה קיים חשש שמא לא נזרק דם של אחד הקרבנות. על כן היו לוקחים כוס דם מהרצפה המוצפת, זורקו זריקה אחת על גבי המזבח ולא הודו לו חכמים – לכאורה מדובר בעיון היסטורי, אך ניסוחו הלכתי מובהק. פרקי הווי המקדש הם, כאמור, שילוב מיוחד של מידע ותיאור יחד עם דיון הלכתי של תנאים, שאינו סומך על עובדות ידועות.