המשנה עוסקת בדיני בשר שנטמא, ובעיקר בשרפתו. משנת כלים פ"א מחלקת את הטומאות לשתים עשרה דרגות54אחד עשר או שנים עשר אבות טומאה מנויים במשנה, כלים פ"א מ"א. ראו הקדמת הרמב"ם לסדר טהרות, כפי שעיבדה בעל מלאכת שלמה. הסבר שיטתי וברור נמצא בהקדמת בעל תוספות יום טוב לסדר טהרות; הוא מזכיר כתב יד של פירוש מהר"ם מרוטנבורג למשנת טהרות. סיכום מסודר של ההלכות מצוי בחיבור "יבקש דעת", שהוא מעין הקדמה לסדר טהרות של בעל תפארת ישראל., אבל בפועל הבחינו חכמים בשלוש דרגות טומאה עיקריות: הטומאה, אב הטומאה וולד הטומאה. אבי אבות הטומאה הוא המת עצמו, או חלקים ממנו – אלו טמאים מגופם ומטמאים גם ב"טומאת אוהל" (אם שהה אדם עם המת תחת כיסוי גג הוא נטמא). בספרות הראשונים הטומאה עצמה מכונה "אבי אבות הטומאה" (רש"י לשבת סו ע"א, לפסחים יד ע"ב ועוד). אב הטומאה הוא מי או מה שנגע בטומאה, או השרץ והנבלה שהם טמאים בגופם55הגדרות נוספות של אב הטומאה מצויות במשנה, כלים פ"א מ"א.. חפץ או אדם שנגע באב הטומאה הוא ולד הטומאה, ומי שנגע בוולד הטומאה טמא טומאה קלה בלבד. הבבלי קובע בפשטות שאינו טמא מהתורה, אך מדברי סופרים חייבו אותו טבילה (בבלי, יד ע"ב - טו ע"א), אבל בירושלמי יש מחלוקת בדבר האם ולד הטומאה מטמא מדבר תורה או מדבריהם (שקלים פ"ח ה"ג, נא ע"ב; מעשר שני פ"ג ה"ח, נד ע"ב). מכל מקום, חכמים סברו שטומאת מה שנטמא בוולד הטומאה היא טומאה קלה (ספרא, זבים פרק ה הי"א, עז ע"ב). משנת סוטה (פ"ה מ"ב) מביאה דרשה להלכה זו, אך גם מעידה שלא הדרשה יצרה את ההלכה אלא זו הייתה כבר לפני כן. רביעי לטומאה לא טימא כלל, אך בכל זאת נקבע שהוא מטמא משקים: "מטמא חברו וחברו חברו אפילו הן מאה" (תוס', טבול יום פ"א ה"ג, עמ' 684).
את הטומאה עצמה אי אפשר לטהר, שכן טומאתה מגופה; אב הטומאה מחייב שבעה ימי טהרה וטבילה בימים השלישי והשביעי56היו דעות שיש לטבול גם בימים נוספים, אך אלו נדחו מההלכה הרווחת במקורותינו.; ולד הטומאה טמא יום אחד וחייב טבילה בערב ("הערב שמש"), ומי שנגע בוולד הטומאה חייב בטבילה ואינו צריך לחכות עד הערב. במקביל נעשה שימוש במערכת מונחים מקבילה: "ראשון לטומאה" שהוא מקביל לאב הטומאה, ו"שני לטומאה" שהוא מקביל לוולד הטומאה (משנה, אהלות פ"א מ"א-מ"ג).
רבי חנניה סגן הכהנים אומר – הבנת הקטע תלויה, בין השאר, בהבנת הכרונולוגיה של הדוברים בענייננו. הדיון המלא מחייב בירור שלוש המשניות (ז-ט), ורק לאחר שנציג אותן נחזור לברר כל משנה ומשמעותה.
רבי חנניה חי בראשית דור יבנה. הוא קובע שאין לטבול בתשעה באב, ומנמק: "כדיי הוא ביתו של אלהינו שיאבדו עליו הכהנים טבילה אחת"57ירו', ביצה פ"ב ה"ב, סא ע"ב; פסיקתא רבתי כט, עמ' קלו ע"ב; בבלי, תענית יג ע"א ועוד.. אם כן ברור שחי לאחר החורבן. הוא מכונה תמיד "רבי", והדבר מעיד שפעל בדור יבנה, שכן התואר "רבי" חודש רק בדור יבנה וחכמי הבית לא נקראו רבי58כגון הלל ושמאי, שמעיה ואבטליון ועוד.. רבי חנינה אף העיד בפני חכמי יבנה על פרטים מספר מעבודת המקדש, ומשנתנו היא אחת מן העדויות הללו (משנה, עדיות פ"ב מ"א). רבי חנינה עוד הספיק לעבוד במקדש והוא מספר פרטים רבים על סדרי עבודת ה' במקדש59משנה, שקלים פ"ד מ"ד; מנחות פ"י מ"א; עדיות פ"ב מ"א ועוד., ואף על עבודתו האישית שם60משנה, שקלים פ"ו מ"א; זבחים פי"ב מ"ד ועוד. בתנחומא תצוה ג הוא מספר על נסי המקדש, והקטע חסר בתנחומא בובר. מן הראוי להעיר שבמקורות ארץ ישראל יש פחות הד לנסים שנעשו במקדש.. כבר אביו נשא תפקיד בכיר במקדש61משנה, זבחים פ"ט מ"ג; תוס', שם פ"ט ה"ה, עמ' 493 ועוד.. הכינוי "סגן הכהנים" מצביע על תפקיד בכיר שנשא במקדש. הסגן הוא כנראה המשנה לכוהן הגדול (משנה, סוטה פ"ז מ"ז; יומא פ"ז מ"א)62גם המדרש מבין כך את המונח ומספר שבזמן שמשה מילא את תפקידי הכהונה היה סגן לאהרן. ראו ספרא, צו מכילתא דמילואים, פרשתא א, ו, ל ע"א-ע"ב. המדרש מביא את דברי רבי חנינה בתוספתא יומא פ"א ה"ד שהסגן היה ממלא את תפקיד הכוהן הגדול, "שאם אירע בו פסול בכהן הגדול נכנס ומשמש תחתיו", בבלי, סוטה מב ע"א. מכל מקום אם נפל פסול בכוהן הגדול ערב יום כיפור היה נבחר כוהן אחר ולא הסגן מילא את מקומו, כך לפי דברי חכמים שם, וכך יוצא אף מהסיפור על שמעון בן קמחית שנפסל לכהונה ומינו את אחיו תחתיו (תוס', יומא פ"ג ה"כ; ירו', פ"א ה"א, לח ע"ד ומקבילות), וראו דיוננו במשנה יומא (פ"א מ"א). גם כשנרצח הכוהן הגדול בחרו הקנאים כוהן גדול חדש אחר, ולא מינו את הסגן לתפקיד הרם (תוס', יומא פ"א ה"ו ומקבילותיה; מלח', ד 155). נראה אפוא שהסגן היה שני לכוהן הגדול בפועל, אך לא מועמד טבעי להחליפו. יש מקום להשערה שהסגן היה מעין נציג של הפרושים בהנהגת המקדש, ולכן גם לא היה לו סיכוי להתמנות לכוהן גדול. ראו על כך עוד במבוא למסכת שקלים., וייתכן שגם אביו מילא תפקיד זה. יש מקום להשערה שתפקיד הסגן היה מסור, באורח מסורתי, לנציג הפרושים, ועל כל פנים רבי חנינה ודאי שהיה פרושי. המדרש המאוחר מזהה את הסגן עם "סכולוסטיקי" (שיר השירים רבה, ז א [ט]), כלומר עם המלומד/חכם, ואולי יש בכך הד לקשריו עם חכמים. הבבלי מזהה את הסגן עם הממונה שניהל את עבודת היום-יום במקדש (סוטה מב ע"א; סנהדרין יט ע"א); דומה שזו הפרזה, שכן הממונה היה פקיד נמוך למדי, והסגן מצטייר כשני לכוהן הגדול (משנה, יומא פ"ג מ"ט).
מימיהם שלכהנים לא נמנעו מלשרוף את הבשר שניטמא בולד הטומאה עם הבשר שניטמאה באב הטומאה – רבי חנינה מספר על הנוהג בפועל, וממנו לומד הלכה. כאמור, לא כל הטומאות שוות. חפץ שנגע במת או באב הטומאה, כלומר במת או בשרץ וכיוצא באלו, טמא שבעה ימים, אך כשחפץ אחר נוגע באותו חפץ הוא טמא רק יום אחד. אב הטומאה הוא הדבר הטמא עצמו (שרץ וכו')63אב הטומאה הוא גם מה שנגע באבי אבות הטומאה (במת עצמו). נמצאנו למדים שאב הטומאה הוא לעתים טומאה בעצמו ואינו יכול להיטהר, ולפעמים חפץ היכול להיטהר., וולד הטומאה הוא החפץ שנגע באב הטומאה. אוכל שניטמא אי אפשר לטהרו, ובשר קודשים שנטמא צריך כמובן לשרוף. מבחינה זו אין הבדל בין בשר שניטמא באב הטומאה ובין בשר שניטמא בוולד הטומאה. אך על פי [ש]מוסיפין לו טומאה על טומאתו64הנוסח לפי ההשלמות שבשולי כתב יד קאופמן. – דינו של הבשר לשרֵפה, אך בעת השרפה נטמא הבשר שנטמא קלות בצורה קשה יותר. לכך אין ההלכה (או הכוהנים) חוששים, ולכן שרפו את כל סוגי הבשר יחדיו. הירושלמי (כז ע"ד) מתחבט האם ההבדל בין שני סוגי הבשר נובע מרמת הטומאה, או מכך שוולד הטומאה אסור רק מדרבנן. לפי ההסבר השני הרי שבשרפה משותפת מטמאים את מה שטמא רק מדרבנן בטומאה מן התורה. הבבלי (יד ע"א) מעדיף את ההסבר השני ואינו מביא את הראשון65הבבלי מעדיף אבחנות משפטיות חדות וברורות, ולכן ברור מדוע העדיף את הפירוש השני. הבבלי אף מוסיף על ההסבר שוולד זה הוא שלישי לטומאה.. מבחינה משפטית זהו הבדל ברור וחד יותר, אם כי מבחינה מעשית אין הבדל בין שני הפירושים. דברי רבי חנינה נמסרים כאן כמימרה רגילה, ובמשנת עדיות הם נמסרים כ"עדות" ("העיד"). במונח "עדות" נדון במקום אחר, ושם אף נראה כי הגבול בין סתם מימרה ובין עדות לא היה חתוך, ולעתים אותה מימרה מופיעה פעם אחת כהלכה רגילה ובמקבילה כעדות, ונראה שחכמים לא ייחסו חשיבות לאבחנה שבין השתיים66משנה, עדיות פ"ב מ"א; שקלים פ"א מ"ד, וראו דיוננו שם..
הוסיף רבי עקיבא67בדפוס וילנא בלבד הנוסח "ואמר", והוא מיותר. מימיהן שלכהנים לא נמנעו מלהדליק את השמן שניפסל בטבול יום – שמן שנטמא אסור באכילה, אך מותר בהנאה ונהגו להדליקו ולהשתמש בו למאור. טבול יום הוא טומאה קלה המקבילה לוולד הטומאה. מותר, אפוא, להדליק שמן שניטמא בטומאה קלה יחד עם שמן, בנר שניטמא בטמא מת אף על פי [ש]וסיפין לו על טומאתו – שנטמא באב הטומאה. "אב הטומאה" הוא מונח מקביל ל"טמא מת".
רבי עקיבא מוסיף לעדותו של רבי חנינה, ולכאורה הוא מוסר עדות עצמאית על נוהגם של כוהני המקדש, אלא שאין הדבר כן. רבי עקיבא היה מזקני דור יבנה ונהרג בגזרות הדת בשנים 132-135 .האגדה מספרת שהיה בן מאה ועשרים, אך זו אגדה בלבד, ומטרתה להציג כמה מגדולי ישראל (הלל, רבן יוחנן בן זכאי ורבי עקיבא) שמילאו את מקומו של משה ונפטרו בני 120 כימי משה68ספרי דברים, שנז, עמ' 429 ;בראשית רבה, ק, עמ' 1294 ועוד.. אין ספק שבמותו היה רבי עקיבא זקן, בן גילם של רבי אלעזר בן עזריה ורבי טרפון, אבל רבי טרפון מוסר מסורות מימי הבית, ואילו מרבי עקיבא לא נשמרה שום הלכה או מאורע מימי הבית, להוציא את ההלכה שבמשנתנו69עמד על כך בהרחבה רבה רוזנטל, מסורת..
כידוע החל רבי עקיבא בלימודיו רק בגיל מאוחר. המסורת על עבודתו אצל כלבא בן שבוע, מעשירי ירושלים, אפופה אגדה ומאוחרת, אך הידיעה על ייחודו כמי שהחל ללמוד בגיל מאוחר חוזרת במקורות רבים, וקשה להטיל בה ספק70ספראי, ר' עקיבא, עמ' 9-18.. מכל מקום, רבי עקיבא אינו מוסר דבר בשמו של רבן יוחנן בן זכאי, והחל בלימודיו רק אצל תלמידיו רבי אליעזר ורבי יהושע. על כן קשה להניח שבמשנתנו הוא מוסר מסורות שראה בעיניו אצל כוהני המקדש. דבריו במשנתנו הם אפוא מסקנה מדברי רבי חנינה71המשפט המושם בפי רבי עקיבא "מימיהם של כהנים" אינו מלמד על עדות, אלא זו שגרה מדברי רבי חנינה סגן הכהנים. בעל מלאכת שלמה למשנה זו כבר הבחין במוזרותו של המשפט, אך אין צורך בשינוי הנוסח שהוא מציע., אך הם גם בבחינת צעד נוסף. רבי חנינה דיבר על שרפת בשר, וזמן קצר לפני השרפה ניטמא הבשר בטומאה חמורה יותר. רבי עקיבא מדבר על שמן האסור באכילה, אך מותר בהנאה. שרפת השמן אינה רק ביעורו אלא גם ניצולו; לפי רבי עקיבא מותר, אפוא, לטמא את השמן בטומאה חמורה יותר, גם במהלך שימוש רגיל בו, אם כי גם הוא אוסר, מן הסתם, לטמא סתם שמן טהור, אפילו זמן קצר לפני שרפתו.
התלמודים, ובעקבותיהם פרשני ימי הביניים, דנו ארוכות בטיב הטומאה שמדובר בה, וניסו לומר שרבי עקיבא מוסיף שמותר לשרוף יחדיו לא רק שני לטומאה עם ראשון לטומאה (אב הטומאה), אלא גם שלישי לטומאה עם ראשון לטומאה. הבדל זה לא נאמר במפורש במשנה, ולפי פירושנו אין צורך באבחנה נוספת זו.
מעניין הוא חילוף המונחים מ"וולד הטומאה" ל"טבול יום", ומ"אב הטומאה" ל"טמא מת". דבריו של רבי חנינה נמסרו כעדות לפני חכמים בדור יבנה, כך הם מובאים במסכת עדיות (פ"ב מ"א). העדות הראשונה מקבילה למשנתנו, ורבי עקיבא מגיב שם כמו במשנת פסחים שלנו; על העדות השנייה מגיב רבי עקיבא, ומסיק מדבריו מסקנה עקרונית. על העדות השלישית מגיבה סתם המשנה, ומסיקה מסקנה הלכתית עקרונית. על העדות הרביעית אין כל תגובה. נראה, אפוא, שהסגנון של תגובה לעדות אופייני לעדויות של רבי חנינה סגן הכהנים, אף שהיא נדירה במשנת עדיות. מכאן שהעורך של מסכת פסחים ליקט את משניות ז-ח ממשנת עדיות, או מקובץ קדום אחר שכלל את עדויותיו של רבי חנינה סגן הכהנים. הבבלי מצטט ברייתא שמובאים בה דברי רבי חנינה בלשון: "כשהעידו רבותינו...", ואף זו ראיה לכך שדברי רבי חנינה נאמרו במקורם כעדות לפני חכמי יבנה, במסגרת סדרת העדויות שהשתמרה במסכת עדיות.