בפירוש משנה זו נחלקו רבים והאריכו בה הראב"ד, ר' אליהו אזכרי, הר"ש, בעל מלאכת שלמה ואחרים. כל אחד מהם הצביע על הקשיים והציע פירוש מחודש שלדעתו פותר את כל הקושיות, סתר את דברי קודמיו או אישרם בלשון "עד כאן לשונו שפתים ישק"15בעל מלאכת שלמה על הראב"ד. או "ולא ראיתי אחד מן המפרשים שהציעוה כהוגן והנני בא להציעה ולפרשה יפה בסיעתא דשמיא למען ירוץ הקורא בה"16כך הרש"ס למשנתנו. . אף אנו התקשינו במשנה, והצענו פירוש שהוא שילוב של חדש וישן.
ראשי שורות העומר שכנגדו מוכיח – מבנה המשנה מוזר ביותר; ההסבר למשפט שבמשנה מופיע בהמשך, במשנה ד, ואילו המשך המשנה כאן חוזר לנושא של משפט ב. אנו נסביר את המשפט, ואת ההקשר שבו נכתב, להלן במשנה ד.
העומר שהחזיק בו להוליכו לעיר ושכיחו מודים שאינו שכחה – לכאורה המשפט סותר את המשנה הקודמת. הרי במשנה הקודמת נחלקו חכמים על העומר המונח ליד הגדר, וההנחה היא שהוא הונח שם בכוונה, והשאלה היא האם במשנתנו כאן המקרה זהה, או שבשונה ממשנה ב במשנה ג הדיון הוא בכגון שהניחו סתם, שלא ליד גדר ושלא במודע מתוך כוונה. מאידך גיסא ניתן לומר שהמשפט הזה (השני במ"ג) ממשיך כפשוטו את המשנה הקודמת ובא להתנגד לדברי רבי אליעזר. שם לדעת רבי אליעזר בעומר רגיל כולם מודים ששכחו-שכחה, ואם החזיק בו מחלוקת, ואילו לדעת המשנה, שהיא גם דעתו של רבי יהושע בתוספתא, אם החזיק בו כולם מודים ששכחו אינה שכחה, וכרגיל במחלוקות תנאים יש הסכמה על העיקרון (שאם החזיק בו להוליכו לעיר והניחו ליד הגדר ושכחו, זה פחות שכחה ממקרה רגיל)17הרמב"ם פירש להפך, ובלשון בעל מלאכת שלמה: "דיותר הוי שכחה כשהניח בצד הגפה", וכבר תמה עליו בעל מלאכת שלמה, והרא"ש אמר על כך "וטעם דבריו לא נתברר לי". , והמחלוקת היא על פרטי המשמעות של עיקרון זה. הטבלה תבהיר את העמדות (איור 40).
העומר ששכחו ליד הגדר