המשנה סדורה כמתכונת של שתי המשניות שלפניה, מאכלי איסור שהתערבו בעיסה או בקדרה. ממאכלי האיסור יש שאסורים לכוהנים ולישראלים ויש שמותרים לכוהנים ואסורים רק לישראל. בשתי המשניות נאמר כי התנא קמא אוסר את האוכל שלתוכו נפלו המאכלים האסורים לישראל ומותרים לכוהנים, ורבי שמעון מתירם לישראלים ולכוהנים. אולם במשנה הקודמת פורט וצוין במפורש כי המאכלים האסורים לא היה בכל אחד מהם כשלעצמו השיעור כדי לתת טעם במאכל כולו. פרטים אלו חסרים במשנתנו, ומסתבר כי יש להוסיפם בלימודנו לפי מתכונתם במשניות הקודמות.
חתיכה שלקודשי קודשים72ב- ס סדר המקרים במשנה שונה. בעל מלאכת שלמה מביא נוסחה זו בשם "משנה כתיבת יד". יש לבחון באופן שיטתי את הציטוטים המובאים בשם "משנה כתיבת יד" ולבדוק האם הם נוסח הרש"ס, וראו למשל לעיל פ"א מ"א. באותו ציטוט של המשנה שמביא בעל מלאכת שלמה נאמר רק "קדשים" ולא "קדשי קדשים", וראו דבריו בהרחבה. – כגון של קרבן חטאת או של אשם הנאכל לכוהנים ואסור לזרים (זבחים פ"ו מ"א), ושלפיגול – וחתיכת בשר של קרבן שנעשה פיגול, מפני שחשב בשעת זביחתו לאכול את הקרבן לאחר הזמן שהתירה התורה (ויקרא ז יח), ושלנותר – של בשר קרבן שנותר מעל לזמן שהתורה קבעה לאכילתו (שם שם יז), שניתבשלו עם החתיכות (שלחולין) – המילה "שלחולין" כתובה מעל השורה שנוספה בצד ואינה אלא בנוסח זה וב- כ (פירוש המשניות של הרמב"ם), וחסרה גם במשניות הקודמות אחר "שנפלו לתוך עיסה" ואחר "שנפלו לתוך קדירה". ודאי שיש להבין שנתבשלו עם החתיכות של החולין, אך המילה אינה בנוסח המשנה. במשניות הקודמות נאמר על השאור שנפל כי כל אחד ואחד, בין הראוי לאכילה לכל אחד ובין שאינו ראוי לכל אחד, "לא בזה כדי לחמץ ולא בזה כדי לחמץ", וכיוצא בו ב"תבלים של תרומה". במשנתנו חסרה הבחנה זו, אך כאמור יש להבין בדרך זו את משנתנו. ללא הבחנה זו לא ניתן להבין את המחלוקת של התנא קמא ורבי שמעון בהמשך דברי המשנה. [אסור לזרים ומותר לכהנים – קודשי הקודשים, הפיגול והנותר אסורים לזרים. שלושה איסורים אלו מצטרפים לאסור את חתיכות הבשר של החולין, שכן בשלושתם יחד הם נותנים טעם בחתיכות החולין.
רבי שמעון מתיר לזרים ולכהנים] – רבי שמעון בשיטתו ששניים או שלושה שמות של איסורים אינם מצטרפים, ואם אין בקודשי הקודשים, הפיגול והנותר כל אחד בפני עצמו כדי לתת טעם בחתיכות של חולין אין הם אוסרים את החולין. הכוהנים מותרים בחתיכות הבשר של קודשי הקודשים ובחולין והזרים מותרים רק בחולין.
פירטנו את משנתנו לפי הנוסחאות שלפנינו, ובהתאם למבנה של שתי המשניות שלפניה. אולם, מן התלמוד הירושלמי נראה כי הנוסח והמבנה של המשנה היו שונים: "תני שלפיגול ושלנותר ושלקדשים קלים. אמר רבי יונה לא אמרו אלא קדשי קדשים73כך כנכון ברש"ס. ... הא בקדשים קלין הואיל והן... אמר רבי יוסי לא אמרו אלא קדשים קלים74הם חלוקים בפירוש המשנה. ... רבי שמעון בן לקיש אמר במחלוקת75כך ברש"ס. בד"ו: "כמחלוקת", כלומר גם במשנה זו חלוקים חכמים ורבי שמעון. , רבי יוחנן אמר דברי הכל... סבר רבי שמעון בן לקיש כהדא דתני בר קפרא חתיכה של קודש ושלפיגול ושלנותר שנתבשלו עם החתיכות: רבי שמעון מתיר וחכמים אוסרין" (סב ע"ג). מן הירושלמי עולה כי הם גרסו "חתיכה של קדשים", ונחלקו אמוראים אם הכוונה לקודשים קלים או לקודשי קודשים. בעל מלאכת שלמה מעיד: "מצאתי בספר כתיבת יד נוסח המשנה כך: 'חתיכה של פגול, ושל נותר, ושל קדשים שנתבשלו עם החתיכות אסור לזרים ומותר לכהנים' ונראה שהיא גרסת הירושלמי ל"מ (לא מצי) לרבי יוחנן אלא אפילו לריש לקיש דאמר במחלוקת שנויה". עוד עולה מן הירושלמי כי לא היו לפניו דברי רבי שמעון שמתיר, ונחלקו אמוראים אם אף במשנתנו חלוק רבי שמעון76וראו אפשטיין, מבוא, עמ' 128, 288, 959, 1160. .