המשנה מסבירה את הכלל שבמשנה הקודמת – מהטמא טהור ומהטהור טמא. למעשה זו משנת "כיצד...", אך ללא המונח כיצד. אנו מכנים משניות אלו משניות תוספתאיות, ואכן הן נמצאות גם בתוספתא בהרחבות נוספות (להלן)8וויס, משניות תוספתא..
בהרת כגריס ובה מחיה כעדשה – הוא טמא, פרחה בכלו ואחר כך הלכה לה מחייה או שהלכה לה מחיה ואחר כך פרחה בכלו טהור – זהו המצב שבו הפריחה הייתה מהטמא ולכן הוא טהור. נולדה לו מחייה טמא – אם לאחר הפריחה בכל הגוף נולדה מחיה, או שנשארה מחיה, הרי הוא טמא. נולד לו שיער לבן רבי יהושע מטמא וחכמים מטהרין – לדעת רבי יהושע שער לבן כמחיה, ולדעת חכמים לא נזכר בתורה דבר על שער לבן ולכן אין הוא פוגע ב"פרח כולו". הדין חוזר בתוספתא (פ"ג ה"ז ואילך, עמ' 621). בתוספתא נוספים פרטים, בין השאר מצוי כאן הדיון על גודל המחיה, דיון שעסקנו בו לעיל (פ"ו מ"א). בהלכה ט שם מתנהל ויכוח "חי" בין רבי יהושע לרבי עקיבא שהוא בדעת חכמים שבמשנה: "אמר רבי יהשע שער לבן סימן טומאה, והמחייה סימן טומאה, מה מחייה חוזרת ומטמא אף שער לבן חוזרת ומטמא. אמר לו רבי עקיבא מה מחייה חוזרת ומטמא, שכן היא מטמאה הפוכה ושלא הפוכה9אם המחיה נולדה לפני הבהרת או אחריה, בניגוד לשער לבן שמטמא רק אם נולד אחר הבהרת. חכמים סמכו זאת לפסוק "ושער בנגע הפך לבן". "הפוכה" היא אפוא ביטוי הגזור מלשון המקרא. , תאמר בשער לבן שאין מטמא אלא הפוך, ועוד שנאמר בשר, בשר חי החוזר טמא ואין שער לבן חוזר טמא" (תוס', פ"ג ה"ט, עמ' 621).
לעיל שנתה המשנה שאחד ההבדלים בין מחיה לשער לבן הוא שהמחיה מעכבת את ההופך כולו לבן (פ"ד מ"ג). משנה זו שנויה, אפוא, כדעת חכמים ורבי עקיבא.
עוד בתוספתא: "הבא בכולו לבן, ובו מחיה עגולה או ארוכה, הרי זה יסגיר. חזרו בו ראשי איברין הרי אלו כמות שהיו. וחכמים אומרים פרחו במקצתו טמא, פרחה בכולו ובמחיה טהור" (הי"א, עמ' 621). זהו סיכום כללי של ההלכות. "כולו לבן" הוא המצב של "פרחה כולו", אבל יש בו מחיה. בעצם במצב כזה היינו מצפים שהנגוע יהיה טמא, שכן אין זו פריחה בכולו, מפני שיש בו בשר חי (כמו במשנתנו). אבל "יסגיר", משום שיש להמתין להתפתחות כמו בכל בהרת. התוספתא חולקת אפוא מעט על המשנה. אם הפריחה בכולו חוץ מראשי האברים אין זו פריחה בכולו. אבל שוב, מה שבמשנה מנוסח "טמא" כאן מנוסח "כמות שהיו", וכנראה הכוונה לכמות שהיו לפני הפריחה, כלומר טמא, או "יסגיר" (הר"ש וליברמן).
חכמים מנסחים כלל אחר; אין הם חולקים על רבי שמעון אלא מנסחים את הכלל הפשוט והבסיסי למשנה ג להלן. המילה "ובמחיה" קשה, והכוונה שהפריחה מכסה או מבטלת את המחיה. לשווא התקשה בכך הר"ש, ולשווא הציע למחוק משפט זה. הר"ש סבר, מן הסתם, שלא ייתכן שהתוספתא תחזור על הכלל הבסיסי, מה עוד שהניסוח של הברייתא הוא כאילו חכמים חולקים על רבי שמעון. אבל כל אלו הם מסימני העריכה החלקית (הלקויה?) של משנת נגעים ושל התוספתא (והספרא).