כל ספק נגעים טהור חוץ מזה – הספק שעליו דובר במשנה הקודמת, ספק אם בהרת קדמה לשער וספק אם שער קדם לבהרת, ספק כזה הוא כמעט בתשתית סדרי ההלכה. הרי הכוהן רואה את הנגע רק לאחר כמה ימי התפתחות, ואין לו עדות על שלבי ההתפתחות לפני בוא הנגוע לבדיקה, ובמשך השבוע. על כן גם נקבע שאדם נאמן להעיד על עצמו אם השער קדם לבהרת (לעיל בפירושנו לפ"ב מ"ה). ועוד אחר – עוד מקרה אחר של ספק נגעים, ואיזה זה מי שהיתה [בו ] – נכתב בשוליים, בהרת כגריס והסגירוה בסוף שבוע [ו ]הרי היא כסלע – בסוף השבוע השני הבהרת צורתה כסלע. הסלע הוא עגול וקוטרו פחות מ-2 ס"מ. "הרי היא כסלע" הוא מונח לספק שנוצר שמא לפנינו בהרת חדשה ולא פיתוח של הבהרת הקודמת. לעיל בפרק ד מ"ז בנוסח כתב יד קופמן נמצא אותו מינוח לבהרת שהתחלפה, אך שם משמע שאין ספק אלא הכוונה לבהרת חדשה (שהלכה וחזרה) ותיראה כתחילה. קשה להכריע האם "תראה כתחילה" שם הוא ספק להקל או להחמיר, ואולי גם זה ספק אם היא כסלע (=חדש) ואילו במשנתנו לבהרת בוודאי צורת סלע. הסברנו את המילים "הרי היא כסלע" כמעין מונח המחליף את המילים "בהרת חדשה". ספק שהיא היא ספק שאחרת באה תחתיה – השאלה היא האם זו אותה בהרת. טמא – מתוך הספק. בפרק הקודם מתחבט רבי עקיבא בבהרת מתקדמת אם היא אותה בהרת; כאן המדובר בבהרת ממש שונה שצורתה אחרת לגמרי, ואולי בכך לא יחלקו רבי עקיבא וחכמים, כפי שגם משמע ממשנה ז שבה מחלוקת חכמים ורבי עקיבא מופיעה רק בהמשך.
כפי שנראה במשניות ד-ה, הכלל שבמשנתנו נתון במחלוקות.