ממשנתנו ועד סוף הפרק מופיעה סדרה של מקרים גבוליים. כתב יד קופמן מציג את המקרים בסדר שונה מזה שבדפוסים.
בהרת כגריס ובה מחייה כעדשה ושער לבן בתוך המחייה – יש בבהרת כל סימני הטומאה הנדרשים. המשנה מניחה ששיעור המחיה הוא כעדשה, וגודל זה מקביל ל"גריס" בבהרת, אבל הפסיון הוא בכל שהוא. ממשנה א בפרק יש להסיק שאכן יש לעדשה שיעור, אך לא נקבע מהו. להלן (פ"ו מ"א) נראה שיש מחלוקת בדבר. הלכה המחייה – ואת מקומה תפסה הבהרת שהתפשטה, טמאה מפני [שער לבן ] – נשמט על ידי הדומות ונוסף בשוליים, [הלך ] שער לבן טמא מפני המחייה – שני סימנים מספיקים לטמא (בהרת + שער או בהרת + מחיה), רבי שמעון מטהר מפני שלא הפכתו הבהרת – לא התקיים בו הפסוק הדורש שהבהרת תיהפך למחייה, בהרת היא ומחיתה כגריס ושער לבן בתוך הבהרת הלכה המחיה טמאה מפני שער לבן הלך שער לבן טמא מפני המחיה רבי שמעון מטהר מפני שלא הפכתו הבהרת כגריס – המשפט נמצא גם בספרא, והוא מביא את הדין שבמשנה ללא חידוש נוסף (תזריע, פרשת נגעים פרשה ב ה"ז, סא ע"ב). אם כן שתי מחלוקות לפנינו. הראשונה היא במקרה שהמחיה הלכה. טענתם של חכמים היא שעדיין יש שני סימני טומאה, וטענת רבי שמעון היא שניתן לטעון שהשער הפך לבן בגלל המחיה, ולא בגלל הבהרת, ועתה המחיה הלכה ואת מקומה תפסה הבהרת, אבל זה מקרה ששער לבן קדם לבהרת וטהור (להלן מי"א; תוס', פ"א הי"ד, עמ' 619). ההלכה האחרונה היא פרשנות של חכמים למשפט "ושער הנגע הפך לבן", שהבהרת צריכה להופיע לפני השער הלבן. חכמים אינם חולקים על כך שהשער צריך להופיע מתוך בהרת קיימת; המחלוקת היא האם שער מחיה מטמא. כמו כן: "ושערה לא שיער מחייתה, כיצד? בהרת כגריס ובה מחיה כעדשה, ושיער לבן בתוך המחיה, הלכה המחייה טמאה משום שיער לבן, הלכה שיער לבן טמא משום המחיה, רבי שמעון מטהר מפני שלא הפכתו הבהרת. אמר לו והלא כבר נאמר 'ושיער בנגע הפך לבן' נגע זה בכל מקום" (ספרא תזריע, פרשת נגעים פרשה ב ה"ז).
המחלוקת השנייה היא במקרה שהבהרת קטנה, ויחד עם המחיה היא כגריס ומטמאת. השער בבהרת, והמחיה מצטרפת לבהרת וטמא. אבל אם הלכה המחיה, והבהרת תפסה את מקומה, נותרו בהרת ושער לבן. ושוב רבי שמעון אומר שניתן לטעון שהשער הלבן בא בחלקו מהמחיה ושער מקצתה איננו מטמא. כמו כן במדרש: " 'ושערה לא הפך לבן' ולא שער מקצתה. כיצד בהרת היא מחיתה כגריס, ושיער לבן בתוך הבהרת. הלכה המחיה טמאה משום שיער לבן, הלך שיער לבן טמא משום המחייה. רבי שמעון מטהר מפני שלא הפכתו הבהרת כגריס, ומודים שאם יש במקום שיער לבן כגריס שהוא טמא" (ספרא תזריע, פרשת נגעים פרשה ב ה"ח).
ומודה – רבי שמעון, שאם יש במקום שער לבן כגריס שהוא טמא.
סדר ההלכות במשנה ו הוא כסדר הדרשות בספרא, אבל כל יתר המשניות אינן בספרא.
סדר החלק השני של הפרק