המשנה מסכמת את דין נגעי בגדים:
העומד בראשון יכבס ויסג [י ]ר – אם בסוף השבוע הראשון עמד הנגע בעינו, מכבסים את הבגד ומסגירים, העומד בשני – אם בסוף השבוע השני עדיין הנגע בעינו, ישרף – אין לו תקנה, ואף על פי שלא גדל הוא נגע ודין הבגד כולו לשרפה. הפושה בזה ובזה – בסוף שבוע ראשון או שני, ישרף – דין שרפה כתוב במפורש בתורה. בכך נמנעת התפשטות הנגע בעולם. הספרא (תזריע, פרשת נגעים פרק טו ה"ה, עמ' סט ע"ב) מוסיף ששורפים גם חלקי בגד שאינם מקבלים נגע, כגון אימה (תחרת שוליים) של ארגמן או של זהב. במשפט זה אין חידוש של ממש, ולמעשה איננו אלא יישום של ההלכות הפשוטות למעין לוח כרונולוגי.
הכהה כתחלה רבי ישמעאל אומר יכבס ויסגיר וחכמים אומרים אינו זקוק לו – לדעת חכמים הנגע טהור, הכוהן כלל אינו עוסק בנגע כזה, ולרבי ישמעאל דינו כנגע רגיל. רוב המפרשים מסבירים שהנגע נהיה כהה יותר כבר לפני ראייה ראשונה. ברם, שני קשיים בהסבר זה. האחד – אם כך למה אומרים חכמים "אין זקוק לו"? אם הוא כהה יותר הנגע ברור יותר, אז למה הבגד פטור? זאת ועוד; כיצד זה נלקח במקרה זה בחשבון מראה הנגע לפני הבדיקה, הרי בכל המשניות הקודמות הודגש שרק מה שהכוהן רואה ומכריז נחשב לעדות רלוונטית לדיון. מתוך המקבילות שנביא להלן מסתבר ש"כהה" הוא "דהוי", בניגוד ל"עז" (חד בלשוננו). הכהה בראשון יכבס ויסגיר – כנגע רגיל, וקשה לדעת אם זו רק דעת רבי ישמעאל או דעת הכול. הכהה בשני קורעו ושורף מה שקרע – המשנה מבחינה בין נגע עומד לנגע כהה, שנגע עומד נשרף כולו ובנגע כהה קורעים ושורפים רק את הקרע. האבחנה היא במקרא עצמו, ככתוב: "ואם ראה הכהן והנה כהה הנגע אחרי הכבס אתו וקרע אתו מן הבגד או מן העור או מן השתי או מן הערב" (ויקרא יג נו). התורה מדברת על כהה, בשבוע שני, והמשנה מוסיפה מחלוקת על כהה כתחילה. בספרא: "ומנין לכהה בסוף שבוע ראשון למראה שני שהוא מכבסו ת"ל נגע, נאמר כאן נגע ונאמר להלן נגע מה נגע האמור כאן כהה למראה שני ולא כהה למראה שלישי אף נגע האמור להלן כהה למראה שני ולא כהה למראה שלישי" (תזריע, פרשת נגעים פרק טו ה"י, סט ע"ב). המילים "מראה שני" ו"מראה שלישי" הן תוספת על המשנה. בדיני ארבעה המראות שבמשנה הראשונה בפרק ברור היה שהמראה השני הוא בהיר יותר. אם כן לפי הספרא הנגע בהיר יותר, ולא פשה, ולכן מסתפקים בקריעת החלק המנוגע, ואם כבר בראייה הראשונה הנגע בהיר ביותר, חכמים פוטרים ורבי ישמעאל מחייב להתחיל בתהליך הסגרה כאילו הנגע איננו בהיר. ואכן המונח "כהה" הופיע גם בראשית פרק ב, "הכיהה בכושי עזה", כהה הוא בניגוד לעז, ושם התחבטנו האם "כהה" הוא בהיר יותר מארבעת המראות או הוא מראה בהיר בתחום המטמא. כך או כך, המדובר בנגע בהיר, או דהוי יותר (מלשון קהה). הספרא מדבר על שלושה מראות בלבד, ואכן התוספתא שהבאנו במסגרת המשנה הקודמת עוסקת בשני מראות ללא דירוג ביניים, ובירוק במראה אחד.
כן משמעות מראה שני בהקשרים אחרים: "למדנו לכהה בסוף שבוע שני למראה שני שהוא קורעו, ומנין לכהה בסוף שבוע ראשון למראה שני שהוא מכבסו? ת"ל 'נגע', נאמר כאן 'נגע' ונאמר להלן 'נגע', מה נגע האמור כאן כהה למראה שני ולא כהה למראה שלישי, אף נגע האמור להלן כהה למראה שני ולא כהה למראה שלישי" (תזריע, פרשת נגעים פרק טז ה"ג, סט ע"ב). אם כן, מראה שלישי איננו נגע כלל. כמו כן לעניין אחר: "כליל תכלת, דברי רבי חנינא בן גמליאל; רבי יוחנן בן דהבאי אומר: אפילו מראה שני שבה כשר" (בבלי, מנחות מב ע"ב). תכלת חיוורת כשרה לציצית.
שימוש זהה במילה "כהה" יש בירושלמי הדן בעניין ארבעה מראות נגעים: "אמר רבי לעזר בירבי יוסי קומי רבי יוסי, מתניתא אמרה שאינן זה למעלה מזה. אם השאת שכהא מן הכהא שלה טהור30מה שבהיר מהמראה השני הוא טהור, בגלל בהירות יתר. יש לה מראה שיני, בהרת שכהא מן הכהא שלה טמא31מראה שלישי בבהרת טמא, שהרי בבהרת המראה השלישי הוא עדיין בהיר ומבריק יותר מהמראה הרביעי שהוא עדיין טמא. לא כל שכן שיהא לה מראה שיני? אמר ליה חמי מה מר שיני יש לה שלישי לא כל שכן" (שבועות פ"א ה"א, לב ע"ד). מראה שני חמור יותר ממראה שלישי, ו"מראה שני" הוא בעצם כהה ממראה ראשון.
כן קראנו בתורה: "וראה הכהן אתו ביום השביעי שנית והנה כהה הנגע ולא פשה הנגע בעור וטהרו הכהן" (ויקרא יג ו). כהה הוא אפוא החוויר, או דהה. כמו כן: " 'והנה הנגע עמד בעיניו' שאם העז והכהה, כהה והעז, כאילו לא כהה" (תזריע, פרשת נגעים פ"ב ה"ד, סא ע"ד). כהה הוא בניגוד לעז (מבריק, צבעו בהיר חזק).
התוספתא פירשה את המשנה כמו הספרא, אבל בשינוי הלכתי קל היוצר לוגיקה הדרגתית, כמקובל בספרות חז"ל: "כהה כתחילה למראה שלישי יכבס ויסגיר. למראה שני רבי ישמעאל אומר יכבס ויסגיר, וחכמים אומרים אין נזקק לי (לו) הכהן" (פ"ה ה"ו, עמ' 624). המשנה סתמה אפוא "כהה", ובמקורות המקבילים, או המפרשים, מסבירים את המושג "כהה" (נהיה בהיר יותר או דהוי יותר) בצורה הלכתית. יש להניח שחכמים בתוספתא האומרים שמראה שני "אין זקוק לי (לו)" אומרים כך גם במראה שני, והם חולקים אפוא גם ברישא. פירוט הלכתי זה אופייני לתורה שבעל פה, אך לא נאמר בדינים הנוגעים לדיני אדם אלא בהקשר לדיני בגדים, וסיכמנו זאת במבוא.
וצריך מטלית רבי נחמיה אומר אינו צריך מטלית – המשנה הבאה תעסוק בדין מטלית (טלאי), והשאלה היא האם הבעלים חייב לשים טלאי, או שרשאי להלך עם חור. לכאורה, הנחת הטלאי היא אינטרס של בעל הבגד בלבד. אלא שמסתבר שחכמים רוצים להיות בטוחים שהנגע אינו חוזר מגוף הבגד למטלית. המחלוקת חוזרת בתוספתא (פ"ה ה"ו, עמ' 624) ובספרא (תזריע, פרשת נגעים פט"ז ה"ה, סט ע"ג).
הנחת טלאי על בגד עלולה להיראות היום כעדות לעוני מיוחד, אבל בתנאי ימי קדם נארגו הבגדים ביד, והיו יקרים ביותר.