המשנה הקודמת עסקה בשבת ויום טוב הסמוכים זה לזה, והתחבטה אם אלו שתי קדושות או קדושה אחת. עתה המשנה מבררת את הדין בשני ימי ראש השנה. שני הימים נחגגים מחמת ספק; רק אחד הימים הוא מקרא קודש והשני יום חול רגיל, אלא שאיננו יודעים איזהו היום הקדוש. במקום שמקדשים בו את החודש ממתינים לעדים, וכל זמן שהעדים לא הגיעו היום הוא יום חול; ברגע שהעדות מתקבלת המועד מתחיל, והיום השני הוא יום חול. אם העדים לא הגיעו, היום השני קודש. נמצאנו למדים שמן הדין החג נחגג בדרך כלל רק חצי יום, משעה שהגיעו העדים. כבר בימי הבית התקשו לעמוד בכך. המשנה בראש השנה אומרת: "בראשונה היו מקבלין עדות החדש כל היום, פעם אחת נשתהו העדים מלבוא ונתקלקלו הלוים בשיר, התקינו שלא יהו מקבלין אלא עד המנחה, ואם באו עדים מן המנחה ולמעלה נוהגין אותו היום קדש ולמחר קדש, משחרב בית המקדש התקין רבן יוחנן בן זכאי שיהו מקבלין עדות החדש כל היום" (פ"ד מ"ד). המתינו להכרזה על קידוש החודש ועד אז לא החלו בחג עצמו ולא הקריבו את קרבנות החג, אך משתמע שנהגו בו את מנהגי החג כתפילות ואיסור מלאכה.
מאוחר יותר החלו לחגוג את שני הימים כימי קודש מבלי להמתין כלל לעדים. יש להניח שבשלב ראשון חגגו את שני הימים רק אם העדים התמהמהו, או כאשר ידעו שראש החודש חל ביום הראשון, אך העדים לא הגיעו. מאוחר יותר החלו לחגוג את שני הימים דרך קבע, גם אם העדים הגיעו ביום הראשון74רבי יוחנן מנמק זאת בכך שכבר עבר רוב היום בקדושה, ראו ירו', ראש השנה פ"ד ה"ד, נט ע"ג; בבלי, לט ע"ב. רש"י מנמק מדעתו שלא יזלזלו בחג הראשון (ראש השנה ל ע"ב, ד"ה נוהגים).. השאלה היא מתי התחולל המפנה. מכל מקום, בדור אושא כבר היה מקובל לחגוג שני ימים כנוהל קבע, אף שבאושא עצמה ישב בית הדין. כן שנינו: "וכשקדשו את השנה באושה, ביום הראשון עבר רבי יוחנן בן ברוקה ואמר כדברי רבי יוחנן בן נורי, אמר רבן שמעון בן גמליאל: לא היינו נוהגין כן ביבנה. ביום השני עבר רבי חנינא בנו של רבי יוסה הגלילי ואמר כדברי רבי עקיבא, ואמר רבן שמעון בן גמליאל: כך היינו נוהגין ביבנה" (תוס', ראש השנה פ"ב הי"א). המשפט "כך היינו נוהגין ביבנה" אינו מעיד שביבנה חגגו את ראש השנה שני ימים, אלא שבנוסח התפילה ביבנה הזכירו מלכויות בקדושת היום, כדעת רבי עקיבא. כן יוצא ממשנתנו (להלן) שבדור אושא חגגו את ראש השנה תמיד שני ימים, ושניהם נחשבו למקראי קודש.
יש להניח שכאשר התגבש הלוח העברי חזרו לחגוג יום אחד בלבד של ראש השנה, ורק בגולה חגגו שני ימים. שלב זה התחולל בימי האמוראים, וחוקרים נחלקו בתארוך המדויק של האירועים75ראו תבורי, מועדים, עמ' 226-228 ;הר, ענייני הלכה; פליישר, לוח; הנ"ל, שני ימים; הנ"ל, פיוט. אנו נעסוק בנושא במבואנו למסכת ראש השנה.. משנתנו משקפת את הימים הראשונים של עיצוב הנוהג לחגוג שני ימים של ראש השנה כנוהג קבוע, ואת המחלוקת יש להבין, כנראה, גם על רקע המהפכה ביחס לראש השנה. עם כל זאת יש לזכור שהנוהג הקדום לחגוג רק יום אחד או חצי יום של ראש השנה חל רק על המקום שבו ישב בית הדין; ביתר המקומות בארץ חגגו תמיד שני ימים של ראש השנה מספק, שכן רק לאחר זמן ידעו אם היום הראשון הוא הקדוש או השני.
רבי יהודה אומר ראש השנה שהיה ירא שמא תתעבר – שמא חודש אלול יהיה מעובר, היינו חודש של שלושים יום. נראה שרבי יהודה מדבר בשלב שאין נוהג מחייב לחגוג שני ימי ראש השנה, אך תמיד קיים החשש שהעדים לא יגיעו. מצב מעין זה עשוי היה להיות רק במקום בית הדין, אך בכל שאר המקומות חגגו מספק את שני הימים. על כל פנים, האדם צופה לשני ימי חג בדומה למשנה הקודמת. ההבדל הוא שאין אלו שני ימי קודש אלא רק יום אחד קדוש, והיום השני קדוש מספק. על כן, מערב אדם שני עירובין ואומר ערובי הראשון76בנוסח הדפוסים וכתבי יד רבים: "בראשון". – עירובי ביום הראשון, למזרח והשיני77בנוסח הדפוס: "בשני". – ועירובי ביום השני, למערב – או שהוא מתנה, הראשון למערב והשיני78בדפוס: "בשני". – ביום השני, למזרח – או שהוא מתנה, עירובי הראשון – ביום הראשון, כלומר את העירוב שאני מניח אני מייעד ליום הראשון, והשיני – בשני (וכך בנוסח הדפוס), כבני עירי – ביום השני אהנה מעירוב כמו בני עירי. או שהוא מתנה, [עירובי] – התיבה נשמטה בכתב יד קופמן ונוספה בצד בידי המגיה, השיני – העירוב נועד ליום השני, והראשון כבני עירי – ואילו ביום הראשון אהנה מעירוב כמו בני עירי. רבי יהודה סבור שמותר להתנות על העירוב כמו דעת רבי אליעזר במשנה הקודמת, ולא הודו לו חכמים – חכמים חולקים עליו כמו שחולקים במשנה הקודמת. המשפט האחרון חסר בכתב היד מרב.
בזכותה של התוספתא אנו מבינים שהמחלוקת במשנתנו אינה רק חזרה על המשנה הקודמת. בתוספתא נאמר "מודים חכמים לרבי ליעזר בשני ימים טובים של ראש השנה... ורבי יוסה אוסר" (פ"ד [ה] ה"ב), ורבי יוסי מצטט בהמשך כראיה לדבריו את משנת ראש השנה שהובאה לעיל, ש"נוהגין אותו היום קדש ולמחר קדש". אם כן חכמים במשנתנו כרבי יוסי, אך היו גם "חכמים" החולקים על רבי יוסי בראש השנה ועל רבי אליעזר בשבת ויום טוב הסמוכים זה לזה, אך מודים לרבי אליעזר בראש השנה. מן המשנה ניתן להבין שגם רבי יהודה חולק על רבי אליעזר בחג ושבת רגילים, אך מודה לו בשני ימי ראש השנה.
המחלוקת בין חכמי אושא משקפת מצב שבו שני ימי ראש השנה קבועים בלוח העברי, והעובדה שמקור החג הוא בספק כבר טושטשה. אמנם מדברי רבי יהודה אפשר היה להבין שמצב של שני ימי חג הוא חריג, שהרי הוא "ירא שמא תתעבר", אך דומה שזהו רק ניסוח ארכאי, שהרי, כפי שאמרנו, ברחבי ישראל זה היה המצב הרגיל כבר בימי הבית השני.
בירושלמי נוסף היגד שחכמים מודים לרבי יהודה שזו תקנת "נביאים הראשונים" (כא ע"ג). "נביאים הראשונים" אלו הם, כנראה, התקנה של סוף ימי בית שני, וזהו שימוש חריג במונח "נביאים ראשונים".