מבנה המשנה
המסכת כולה עוסקת במצוות היום-יום של יהודי, ועוקבת אחר סדר היום הרגיל. היום היהודי מתחיל בערב, ומסתיים למחרת לפנות ערב. בערב לפני השינה האדם חייב בקריאת שמע. המשנה מניחה שסעודת הערב שייכת ליום הקודם, ועל כל פנים אינה מרחיבה בדיון בה, זאת אף שזמן קריאת שמע הוא לפני סעודת הערב, כפי שהמשנה הראשונה מעידה במפורש. המשנה גם מניחה בפשטות שחובת קריאת שמע ידועה ואינה צריכה הסבר; היא פותחת מיד בשאלות המשנֶה ממתי קוראים קריאת שמע בערב, וממתי זמן קריאת שמע של הבוקר, ואחר כך פרטים מספר מגוף קריאת שמע, הברכות שלפניה וכו'. בכל המשניות הללו המשנה דנה בקריאת ערבית של הלילה ושל הבוקר כאחת (פ"א מ"א - סוף פ"ב). בתוך חטיבה זו כלולה יחידת משנה המספרת במעשי רבן גמליאל (פ"ב מ"ה-מ"ז); כרגיל במקרים אלו המעשה הראשון קשור לקריאת שמע, והאחרים מנותקים מההקשר של הפרק. פרקים ד-ה עוסקים בתפילה, ופרק ג הוא חוליית קישור הדנה בפרטים הנוגעים לקריאת שמע ולתפילה כאחת. גם בחטיבת התפילה כלולה יחידה נספחת העוסקת במעשי החסיד חנינא בן דוסא (פ"ה מ"ה), וכרגיל ההקשר הוא אסוציאטיבי אגב אזכור הצירוף "סימן רע לו". פרק ו מוקדש לברכות האוכל ופרק ז לזימון. פרק ח הוא חטיבה מיוחדת הסודרת את מחלוקות בית שמאי ובית הלל בסעודה. הפרק אינו המשך של קודמו אלא שריד לשיטת עריכה אחרת של המשניות, לפי מכנה משותף חיצוני. פרק ט עוסק בדיני ברכות שונות על מעשי נסים, על כניסה לכרך, על בית חדש וכיוצא באלו.
סדר הדיונים הוא סדר היום מהבוקר: קריאת שמע, תפילה, ברכות שלפני הסעודה, ברכות המזון, דיני סעודה כלליים וברכות שונות. זהו כמעט סדר היום, אלא שהוא מופרע במקצת בגלל בעיות ענייניות שניצב בפניהן העורך. היום היהודי מתחיל בערב, על כן החל העורך בקריאת שמע של ערב ומיד אחריה בקריאת שמע של בוקר, וכלל דיני קריאת שמע, שהיא התחלת סדר היום היהודי. העורך רצה לשנות את כל דיני קריאת שמע יחד ולכן בחר לעקוב אחר סדר היום מהבוקר, אבל להתחיל בקריאת שמע של ערב.
אין במסכת ביטוי לדיני קריאת התורה, שכן אלו אינם מתבצעים בכל יום ויום. כמו כן לא נידונו ימי תפילה מיוחדים (שבת, ראשי חודשים או מועדים וכיוצא באלו).
בסך הכול, מסכת ברכות ערוכה בצורה מגובשת. חלוקת הפרקים מובנית והגיונית; בכל המסכת רק שתי יחידות שלוקטו ממשניות קדומות אחרות ושולבו במסכת, ושילובן הולם ומתאים לתוכן הדברים. בסך הכולל עושה רושם שמסכת זו נערכה בקפדנות יחסית, והיא מגובשת יותר ממסכתות אחרות.