לפי כתב-יד קופמן
כל קדשים שקדם מום קבוע להיקדשן – אין מדובר בבכור, שכן הבכור קדוש עוד במעי אמו, אלא בבהמה שנבחרה לקרבן. ברור שקרבן בעל מום פסול למזבח ולכן ההקדש אינו תופס, שכן אין מקדישים בהמה בעלת מום. וניפדו – מכיוון שהם בעלי מום נפדו ויצאו לחולין. עוד נוסיף שלפי הירושלמי אם הקדיש בעל מום למזבח ההקדש לא תפס, וממילא אין צורך בפדיון (ירו', נזיר פ"ה ה"א, נג ע"ד).
חייבין בבכורה – עכשיו כשהם חולין הם חייבים בכל מתנות הכהונה. אם הקדיש את האם ונפדתה הוולד הראשון שלה הוא בכור, ובמתנות – ואם נשחטה חייבת במתנות כהונה, ויוצאין לחולין – מן הדין היה לפתוח בהלכה זו, שכן היא ההלכה העקרונית שממנה משתמעות יתר ההלכות שבמשנה. וליגזז – הצמר הוא חולין, ולעבד – העור חולין ומותר לעבדו, ואולי הכוונה שמותרים בעבודה (מותר לחרוש בפרה, למשל). וולדן וחלבן מותר – כחולין, לאחר פידיונן – כל זה לאחר שנפדו, והשוחטן בחוץ פטור – מחוץ למקדש, כי אינם קודש, ושחיטת חולין הותרה בכל מקום2כפשוטה משנתנו אמורה בזמן שבית המקדש קיים, ושחיטת חולין הותרה. הבבלי, יד ע"ב, מנסה להעמיד את המשנה בתקופה היסטורית שבה היו הבמות נפוצות, ושחיטת חולין נאסרה. זו קונסטרוקציה הלכתית אפשרית, אך כפשוטה היא מיותרת., ואינן עושין תמורה – אם אבדו אין צריך להפריש בהמה כתמורתם, ואם מתו – לפני שנפדו, ייפדו – שכן הם קרבן שאינו טוב. אמנם הם אינם קודש, אבל את הקרבן עדיין צריך להקריב. אפשר לנסח זאת שלמרות המום הם קצת קודש וחייבים לפדותם. אפשר גם לנסח שאין זה פדיון, אלא הבאת קרבן חילופי במקום ההקדש הפגום. הבבלי מוסיף שזו עמדת רבי שמעון, אבל חכמים אומרים שאם מתו ייקברו: "אמר רב יהודה אמר רב: זו דברי רבי שמעון... אבל חכמים אומרים: אם מתו – יקברו. מאן חכמים? תנא דבי לוי הוא, דתנא דבי לוי: הכל היו בכלל העמדה והערכה, ואפילו בעל מום מעיקרו. וכן תנא דבי לוי במתניתיה: אפילו חיה" (יד ע"ב). רבי לוי בר סיסי, מגדולי האמוראים בדור הראשון, ירד מבבל לארץ ישראל והביא עמו נוסח קצת שונה של המשנה, ובו דברי חכמים.
במשנת תמורה (פ"ז מ"א) העיסוק הוא בטיפול בקודשי בדק הבית שמתו, והמשנה עצמה עולה בקנה אחד עם משנתנו. אבל בבבלי למשנת תמורה מוצגת שאלת הקבורה כמחלוקת: "מתו תמימין – יקברו, ובעלי מומין – יפדו. במה דברים אמורים בקדשי מזבח, אבל בקדשי בדק הבית – בין תמימין בין בעלי מומים יקברו. רבי שמעון אומר: אחד קדשי מזבח ואחד קדשי בדק הבית, תמימים – יקברו, בעלי מומין – יפדו" (לג ע"א).
הלכות המשנה לפי הברייתא בבבלי
אם כן נוצרת מחלוקת גם בקודשי מזבח. כאמור גם סוגיית בכורות הגיעה למסקנה דומה, בחילוף שמות ובשם תנא דבי לוי, ומי ששנה זו לא שנה זו.
חוץ מן הבכור – על בכור חלה קדושה מבטן אמו, והוא קדוש גם אם הוא בעל מום. ומן המעשר – מעשר בהמה, שאם נפל הגורל על כבש בעל מום הוא קדוש ואין להחליפו. אין במשנתנו דיון מה הדין אם הבכור מת. למעשה המשפט מיותר, שכן לעיל שנינו שבעל חי בעל מום חייב בבכורה, כלומר הוא בכור בכל מום וקדוש לכל דבר. -
המשנה כולה מקורה בחולין (פ"י מ"ב), שם היא משובצת בתוך סדרת הלכות בנושא. בעיקרון בעל מום פסול למזבח, ברם הנחת המשנה שבעל מום כזה אינו קדוש וחייב בפדיון אינה כה פשוטה. דנו בכך בפירושנו לחולין (שם) ולזבחים (פ"ט מ"ג).
בספרות ניתן למצוא דעות שונות לגבי השאלה האם הקדושה חלה על בהמה בעלת מום, ומדובר כמובן במום שקדם להקדש ולא במום שהתהווה מאוחר יותר. משנתנו, מכל מקום, מניחה שלאחר שנפדו לא חלה עליהם כל קדושה.