לכל הדעות יש צורך בזימון יונים כדי שניתן יהא לשחטן, ובמשנה הקודמת נחלקו בית שמאי ובית הלל מהו הזימון הדרוש. משנתנו עוסקת במקרה שהאיש מצא בקן יונים אחרות מאלו שתיכנן וזימן. ממשנה זו ברור שהזימון הוא בפה או בנענוע, ולא בקשירה, אחרת קשה להניח שאדם יקשור שתי יונים שחורות וימצא יונים לבנות קשורות. הווה אומר, משנתנו אינה מקבלת את דברי רבי שמעון בן אלעזר התובע, לדעת בית שמאי, שאדם יקשור את היונים, ובכך משנתנו היא לדעת הכול, ולפי שיטת רבי שמעון בן אלעזר היא לדעת בית הלל בלבד.
זימן – יונים שחורים ומצא לבנים – או מקרה אחר שבו זימן יונים לבנים ומצא שחורים – או מקרה אחר שבו זימן שנים – זוג יונים ומצא שלושה – יונים, אסורין – בכל המקרים הללו היונים אסורות, שהרי היונים ודאי התחלפו, ובמקרה השלישי לפחות אחת היונים לא זומנה.
שלושה ומצא שנים מותרים – אם זימן שלוש יונים ומצא שתיים יש לשער, או שרשאים אנו לשער, שאחת היונים עפה מקִנה והשתיים האחרות הן היונים שזימן. בירושלמי ובבבלי מנסים לקשר את משנתנו למחלוקת רבי וחכמים במי שהניח שתי מטבעות מעשר שני ומצא רק אחת (תוס', מעשר שני פ"ה ה"ד; ירו', ס ע"ג; בבלי, י ע"ב). התלמודים מסכמים שיש הבדל בין הנושאים, שכן מטבעות אינם עשויים לפרוח ללא סיוע חיצוני.
מקרה אחר הוא במי שזימן יונים שבתוך הקן ומצא – את היונים לפני הקן – היונים אסורין – החשש הוא שאלו יונים אחרות מאלו שזימן.
אין שם אלא אם הם הרי אילו מותרין – הנחיה זו חלה רק על המקרה האחרון. כלומר, אם היונים זזו אך אין בשובך אלא יונים אלו, החשש שמא התחלפו היונים הוא זעיר. הבנת צורת הקן היא מרכיב מרכזי בהבנת המשנה. בעל מלאכת שלמה אומר שלפני כל קן היה מדף, מעין מרפסת שבה שוהות היונים חלק מהיום, על כן ניתן להניח שהיונים המצויות לפני הקן הן אלו שהיו בקן. איננו יודעים כיצד נראָה שובך העץ, ברם במערות הקלומבריה אין מדף לפני הקן אבל יש מדפים לפני גוש קנים. זו, אם כן, הסיבה לאיסור. אבל אם היה מדף לפני הקן הרי זה בחזקת "אין שם אלא הם" – והיונים שלפני הקן הן הן היונים שזומנו מערב החג.
במשנה אין מחלוקת בין בית שמאי ובית הלל, והדבר תמוה, שהרי כל הפרק כולל מחלוקות בין שני הבתים, וזה העיקרון המבריח את הפרק ואשר הנחה את העורך. מדברי רבי שמעון בן אלעזר בתוספתא משתמע כי גם כאן הייתה מחלוקת בין בית שמאי ובית הלל, אלא שדבריו כנראה קטועים. רבי שמעון בן אלעזר, כמו חכמים אחרים במהלך הפרק, חולק על התנא במשנתנו ומציג אחרת את המחלוקות בין הבתים. כמעט לכל משנה בפרקים א-ב נוסח שונה בתוספתא. בדרך כלל הנוסחה החילופית מוצגת בסגנון: "אמר רבי פלוני מודים בית שמאי לבית הלל ב... על מה נחלקו על...". דוגמה טובה וסטנדרטית מובאת בפירושנו לסוף המשנה הקודמת. בתוספתא שלפנינו נאמר: "אמר רבי שמעון בן לעזר מודים בית שמיי ובית הלל שאם זימן בתוך הקן ומצא לפני הקן שהן אסורין..." (פ"א ה"י). עד כאן הדברים הולמים את משנתנו. היה מקום לצפות שבהמשך יוסיף החכם גם "על מה נחלקו על שזימן...", ברם המשך זה חסר ובמקומו נמצא דיון ביוני שובך וביוני עלייה, וגם בו אין מחלוקת בין הבתים.
נראה, אפוא, שבעבר הייתה במשנה ובתוספתא מחלוקת כלשהי בין הבתים, איננו יודעים על מה. בזכות המחלוקת נכללה משנה זו בפרק, ועל כך הגיבה התוספתא. בהמשך שלבי העריכה של המשנה נעקרה המחלוקת, ובמקביל נעקרה גם ההתייחסות אליה בתוספתא. אם אכן ההשערה נכונה, יש לה חשיבות להבנת העריכה הקדומה והשתלשלות המסירה במשנה ובתוספתא. לפי הסברנו ברור שלאחר עריכת המשנה, או לפחות לאחר גיבוש המשנה הקדומה שממנה נלקט הפרק שלנו, המשיכו חכמים לערוך את המשנה, להוסיף ולקטוע ממנה. הווה אומר, לפנינו למעשה שלושה שלבים ספרותיים:
שלב א – עריכת המשנה הקדומה, לפי עיקרון חיצוני של ריכוז מחלוקות בית שמאי ובית הלל. עריכת קובץ זה כבר הסתמכה על מסכת עדויות. כפי שנראה להלן יש לקובץ זיקה מיוחדת לתורתו של רבי מאיר, וחכמים אחרים בני דורו נחלקו על פרטיו.
שלב ב – שיבוץ הפרק במסכת ביצה, במסגרת עריכת המשנה.
שלב ג – תיקוני נוסח ותוספות עריכה, ובמסגרת זו נעקרה המחלוקת ממשנתנו.
התוספתא הכירה במקורה את המחלוקת בין בית שמאי לבית הלל, ורבי שמעון התייחס אליה. ברם, לאחר שהמחלוקת נעקרה מהמשנה היא נעקרה גם מהתוספתא. הווה אומר, בתוספתא יש התייחסות למשנה כפי שהייתה בשלב ב, אך היא תוקנה במקביל לתיקון של שלב ג במשנה. לפי שחזור משוער זה ברור ששלב ב קדם לשלב ג.
כאמור, יש להשערה השלכות על הבנתנו את תהליכי העריכה של המשנה, ברם עדיין איננו יודעים על מה נחלקו בית שמאי ובית הלל, ולמה נעקרה המחלוקת ממשנתנו62על כך ראו בקצרה במבוא לפירוש המשניות. .
דרך שונה במקצת להבנת המשנה היא לפי השיטה שלדעת בית שמאי יש צורך בקשירה. אם כך הוא הרי שלא ייתכן שהיונים תימצאנה לפני הקן; ממה נפשך: אם היונים קשורות – אין הן יכולות לצאת מהקן, ואם יצאו ודאי מזומנות הן, ואם אין הן קשורות – אין זאת אלא שהן יונים אחרות, שאינן מזומנות. הוא הדין אם "זימן שחורים ומצא לבנים". אם כן, המשך המשנה הוא לדעת בית הלל בלבד.