Beit Yosef, Yoreh De'ah 81:3

וגבינות שנעשו מחלב בהמה ונמצאת טריפה וכו' בפ"ק דחולין (יא.) אהא דאמרינן מנא הא מילתא דאמור רבנן זיל בתר רובא ומייתי' לה מפרה אדומה דבעי' שתשרף כשהוא שלימה וליחוש דילמא טריפה הוא לאו משום דאמרינן זיל בתר רובא כתבו התוס' וא"ת כיון דפרה בת ב' שנים דילמא היינו משום דאוקמה אחזקה שאינה טריפה למ"ד טריפה אינה חיה וי"ל דכל חזקה שלא נתבררה ולא נודעה אפילו שעה אחת לא אזלינן בתרה ויש ללמוד מתוך כך הלכה למעשה דאם עשו גבינות מכמה בהמות ואחר כך נשחטה הא' ונמצאת טריפה שכולן אסורות שאין לנו להעמיד פרה בחזקתה ולומר השתא הוא דנטרפה והרא"ש כתב דבריהם ואח"כ כתב ועי"ל למאי דמסקי' דאזלינן בתר רובא כל הבהמות בחזקת כשרות ואפי' בתוך שנתן משום דרוב בהמות כשרות הן ורובא עדיף מחזקה ופסק רבי' כתירוץ זה וכן פסק רבי' ירוחם באות ל"א וגם הרשב"א והר"ן אחר שכתבו סברת התוס' כתבו דבשם רבי' שמשון אמרו שאין לאסור גבינות מטעם זה שאפילו ת"ל שאין הולכין אחר חזקה כזו מ"מ שאני הכא דהו"ל חזקה דאתי מכח רובא ורוב בהמות כשרות הילכך אמרינן דעכשיו הוא דנטרפה וכמ"ש בענין חזקה בכתובות פ"ק (יב:) גבי הכונס את האשה ולא מצא לה בתולים ובפרק המדיר (כתובות עה:) גבי מומין ואף ה"ר יונה הסכים להתירם מדאמרי' נשחטה בחזקת היתר עומדת עד שיודע לך במה נטרפה אלמא בהמה בחייה בחזקת שאינה טרפה היא הילכך אם מצינו אותה עכשיו טרפה אמרינן השתא הוא דאתרעאי ובהגהות מיימון בפ"ג מהמ"א הביא סברות אלו בשם סמ"ג ולא הכריע ביניהם אבל סמ"ק בסימן ר"א פסק כסברת ר"ש וה"ר יונה ז"ל: Cheeses made from the milk of animals that are found to be treif, etc., as discussed in the first chapter of Chullin (11b). Regarding the statement, “From where do we know this matter? The Rabbis say, go according to the majority and bring it from a red heifer which must be burned while still whole,” and there is concern that it might be treif. This is not because we say, “go according to the majority.” The Tosafot wrote, “And if you say, since a cow is two years old, perhaps this is because it is established as not being treif according to the opinion that a treif animal is not alive,” and it can be said that any presumption that has not been clarified or known, even for a single moment, we do not follow.
From this, one can learn a practical halacha: if cheeses were made from the milk of several animals, and afterwards one was slaughtered and found to be treif, all are prohibited. We cannot rely on the assumption that the cow was not treif and say that it is only now that it is treif. The Rosh wrote their opinion and then wrote, “It can be said that according to what we conclude, that we follow the majority, all animals are assumed to be kosher, even within a year, because most animals are kosher and the majority is stronger than a presumption.”
Rabbeinu (Rashba) followed this explanation, and so did Rabbeinu Yerucham in section 31. The Rashba and the Ran, after writing the Tosafot’s reasoning, wrote in the name of Rabbi Shimshon that one should not prohibit the cheeses based on this reason. Even if it is said that we do not follow such a presumption, here it is different because it is a presumption that comes from the majority, and most animals are kosher. Therefore, we say that it is only now that it has become treif, as explained in the matter of presumptions in the first chapter of Ketubot (12b) regarding a man who married a woman and did not find her to be a virgin, and in the chapter “Ha-modir” (Ketubot 76a) regarding blemishes. Even R’ Yonah agreed to permit them, as it is said that if slaughtered, it remains in a state of permissibility until it is known what made it treif. This shows that an animal in its lifetime is presumed not to be treif; therefore, if we find it to be treif now, we say it has only recently become so. In the glosses of Maimonides on the third chapter of Ma'akhalot Asurot, he brought these reasons in the name of the Sefer Mitzvot Gadol (SMG) but did not decide between them. However, the Sefer Mitzvot Katan (SMK) in section 71 ruled according to Rabbi Shimshon’s opinion and Rabbi Yonah’s opinion.