ולענין החתימה כתב ה"ר יונה שרבינו אפרים הקשה על הרי"ף דה"ל חותם בשתים וכתב ה"ר יונה שנ"ל שיאמר בונה ירושלים כמו שאומר בחול ואפי' לדעת הרי"ף שאומר שיזכיר בשבת לשון נחמה בסיום הברכה א"צ לומר אותה בחתימה עצמה אלא די שאחר שיאמר רצה והחליצנו יאמר ונחמנו בציון עירך כי אתה בעל הנחמות בא"י בונה ירושלים. והרא"ש כתב שיש מתרצים קושיית רבינו אפרים דאם היה אומר מנחם עמו ובונה ירושלים הוי חותם בשתים אבל מנחם עמו בבנין ירושלים חדא היא שינחם עמו ע"י הבנין וה"ר יונה ז"ל היה אומר שגם זה חושב כשתים כמו שמצינו בהביננו שתקנו וישמחו צדיקים בבנין עירך שהוא מעין ב' ברכות על הצדיקים ולירושלים אבל החותם מנחם ציון בבנין ירושלים לא הוי כחותם בשתים דירושלים וציון חדא הוא ע"כ ונ"ל שמה שתירצו לקושיית רבינו אפרים תירוץ יפה הוא ומה שהקשה רבינו יונה ממה שאמרו בהביננו וישמחו צדיקים בבנין עירך י"ל דאע"פ שאפשר שירמוז לב' ברכות מ"מ פשטא דמילתא לא הוי אלא מעין ברכה אחת וכיון שהרי"ף והרמב"ם ז"ל הסכימו דחותם עמו ישראל בבנין ירושלים וגם הרא"ש היה נוהג כן כפי מה שהעיד עליו רבינו ש"ד לנהוג כן .