Avodat HaMelekh on Mishneh Torah, Repentance 1:2

שעיר המשתלח מכפר על כל עבירות שבתורה וכו' והוא שעשה תשובה, אבל אם לא עשה תשובה אין השעיר מכפר לו אלא על הקלות ומה הן הקלות וכו' ושאר מצות לא תעשה ומצות עשה שאין בהם כרת הם הקלות. ודברי רבנו מרפסין אגרא כמו שעמדו עליהם הכ"מ והלח"מ ועוד מחברים רבים, שהרי הוא סותר סוגיא דשבועות לגמרי, והרי לא אשכחן בגמ' תירוצא לאוקמי מתניתין דשעיר המשתלח מכפר על עשה ול"ת כריתות ומיתת בי"ד כי אם אליבא דרבי ועומד במרדו, ורבנו חלק מעצמו, דעשה ול"ת מכפר גם בלא עשה תשובה וחמורות דוקא בשעשה תשובה (וכ"כ בפי' המשנה עיי"ש).
והנה הלח"מ כתב דרבנו מפרש קושית הגמרא האי עשה היכי דמי אי דלא עביד תשובה זבח רשעים תועבה דר"ל דאי בדלא עביד תשובה א"כ על כרחך גם כל הני דמתניתין בדלא עביד תשובה וא"כ איך מכפר אחמורות, אבל על עשה ולא תעשה בעצמן לא קשה כלל, ורבנו מפרש כן כדי למעט במחלוקת בין רבי ורבנן, והנה אם כי יונח קצת בזה מאי דאמרו בגמ' על זה זבח רשעים תועבה, ובאמת בעשה ליכא זבח רשעים תועבה אבל באמת א"צ לזה דהא דאמרו כאן זבח רשעים תועבה על כרחך הכוונה דאיך אפשר לקרבן בלא תשובה, וכמ"ש רבנו בה"א, ועל כרחך צריך לפרש הכי דאל"כ קשה שהרי אמרו כן בזבחים ז' להדיא גבי עשה דאי לא עביד תשובה זבח רשעים תועבה וכבר השיגו על הלח"מ בזה. אמנם באמת לא זכיתי לעמוד על יסוד דבריו ולו יהא כן בקושית הגמ' מחמורות הוא, אבל הרי עכ"פ לא מצאה הגמ' תירוצא אחרינא כי אם לאוקמי אליבא דרבי ובעומד במרדו ולמה לא חלקה הגמ' המשנה כמו שעשה רבינו, דעשה ולא תעשה בלא עביד תשובה, ושעיר מכפר על זה, וחמורות בדעביד תשובה, ואינו מן הדוחק כלל דכל חד כדיניה ועל כרחך לית ליה להגמ' החילוק הזה.
והנה כל המחברים שראיתי בזה כלם מתנבאים בסגנון אחד דרבנו סמך עצמו על הא דאמרו בירושלמי שבועות פ"א ה"ו עשה אע"פ שלא עשה תשובה לא תעשה ר' שמואל בשם ר' זירא והוא שעשה תשובה, הלא מפורש דלא בעי תשובה בעשה לשעיר המשתלח, והא דבל"ת ס"ל לרבנו ג"כ הכי אף דבירושלמי מפורש דלל"ת בעי תשובה, הוא משום דס"ל להירושלמי כהאי תנא דכל ל"ת אם לא ניתק לעשה היא מן החמורות עי' בסוגיא דיומא ורבנו הרי פסק כאידך תנא דגם ל"ת בכלל הקלות חוץ מלא תשא א"כ שפיר ס"ל דשעיר מכפר גם על ל"ת בלא תשובה כמו על עשה דהוא מן הקלות, וכל אחד מסלסל לפי דרכו, ולפי"ז צ"ל דדחה רבנו כל סוגית הגמ' מפני סוגית הירושלמי, ואפשר למצוא כן לרבנו בכמה מקומות, אלא דצ"ע לדעתי דהרי משמע בירושלמי דר"ז גופיה ס"ל דעל עשה מכפר גם בלא תשובה, אלא דבלא תעשה בעי תשובה, וכאן משני ר"ז דסוגין כרבי היא ובעומד במרדו. ולמה לא משני ג"כ דבעשה בלא תשובה, ואי משום דכלל כאן גם ל"ת בקלות הרי אפשר לומר דקאי על ל"ת הניתק לעשה וכסוגין דיומא שם ולמה בעי לאוקמי סתמא דמתניתן דוקא אליבא דרבי דלא כהלכתא.
ואשר נראה לישב הדברים ע"פ פשוטם דרבנו רצה להשוות שני התלמודים דלא יפלגו אהדדי כלל וכל דבריהם אחד הם כשאנו יודעים לפרשם, דהנה בכל המשנה איתא יש בה ידיעה בתחלה ואין בה ידיעה בסוף שעיר שנעשה בפנים ויוה"כ תולה עד שיודע לו ויביא בעולה ויורד וכן באין בה ידיעה בתחלה אבל יש בה ידיעה בסוף שעיר הנעשה בחוץ ויוה"כ מכפר וכן על זדון טומאת מקדש וקדשיו שעיר הנעשה בפנים יוה"כ מכפרין ועל שאר עבירות שבתורה איתא רק שעיר המשתלח מכפר וליתא לקמן שעיר המשתלח ויוה"כ מכפר שכוונתו או שעיר או יוה"כ הלא דבר הוא, וכבר מצאנו לרבנו הרשב"א ז"ל שעמד לתמוה ע"ז וז"ל קשיא אשמעתתן דמוקי מתניתין כרבי ואע"ג דלא עביד תשובה משום דיוה"כ מכפר אף באינם שבים דהא מתניתין שעיר המשתלח קתני ולא הזכירו יוה"כ בהך מתניתין ואלו לרבי יוה"כ שמענו לו ולא שעיר המשתלח, וי"ל דעיקר כפרתו של שעיר המשתלח משום תוקפו של יוה"כ הוא, ואף הוא מכפר לרבי אף על שאינן שבים, אלא שעדיין אני תמוה א"כ למה לא שני במשנתנו שעיר המשתלח ויוה"כ והוי משמע שעיר המשתלח או יוה"כ כלומר אף בלא שעיר.
והנה מה דתמה הרשב"א ז"ל מצאנו באמת במשניות כת"י דמבואר גם כאן שעיר המשתלח ויום הכפורים מכפר וכבר הובא זה מכת"י פריז, ולפי"ז ברור דכן היתה גם גי' רבנו וע"ז קאי סוגית הגמ', ובין אם נפרש כפי' הלח"מ דר"ל אי דלא עביד תשובה זבח רשעים תועבה משום חמורות הוא או כמ"ש דהכוונה קרבן בלא תשובה אינו מכפר, ואי דעביד תשובה כל יומא נמי, ר"ל דהתני במתניתין שעיר המשתלח ויוה"כ אי דלא עביד תשובה אין זה אפשר, ואי דעביד תשובה לא בעינן לזה לא שעיר המשתלח ולא יוה"כ דהא כל יומא נמי מכפר על עשה בתשובה בלבד, וא"כ לא יכלו בגמ' לשנות כמ"ש רבנו לחלק בין קלות לחמורות דבקלות מכפר גם בלא תשובה ובחמורות דוקא בתשובה דהתינח בשעיר אפשר לחלק כן אבל במשנה הרי אמור שגם יוה"כ מכפר ויוה"כ הרי בודאי אינו מכפר בלא תשובה. ולהכי הוצרך לאוקמי כרבי דיוה"כ וכן שעיר לא בעי תשובה, ואף דבאמת שעיר מכפר אקלות גם בלא תשובה וכמו שאמרו בירושלמי הנה גם סוגיא דידן אינו חולק ע"ז בשעיר, אבל עדיין קשה מיוה"כ.
אבל רבנו העתיק דין זה בשעיר המשתלח ובו איכא חילוק בין קלות לחמורות, וביוה"כ באמת ליכא חילוק זה ומיושבים דברי רבנו בפשיטות ושני התלמודים לא פליגי אהדדי כלל, (עי' במכילתא דרשב"י שאחר שהביא כל שהוא מלא תשא ולמטה וכו' שהוא מלא תשא ולמעלה עבירות חמורות ואין תשובה מכפרת, יכול לא יהא יום כפורים מכפר ת"ל כי ביום הזה יכפר עליכם, וראוי לעיין בכל זה היטב, וכבר כתבתי בזה ברשימות עיי"ש מה שהארכתי אל נכון בעזהי"ת. ועי' בשו"ת מהר"ץ חיות סי' ע"א).